明代医学归属礼部，其组织机构和职官设置，大体沿袭宋元旧制而有所损益，各个时期医事制度也有所变化。
(一)太医院的设置
朱元璋自称吴王之初(1364)，即仿元制设置全国性的医药行政管理机构——医学提举司。司中设有：提举、同提举、副提举、医学教授、学正、官医和提领。吴三年(1366年)，改医学提举为太医监，设少监(正四品)、监远(从五品)。洪武元年(1368)，仍设太医院，职官设置亦无大的变动。当时无御医一职，洪武六年(1373)始设御医。
(二)南北两京太医院
明代太医院分为南京、北京两处。
洪武元年(1368)，南京太医院设有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年(1381)改设太医令1人，太医丞1人，吏目1人，御医4人。洪武二十二年(1389)，又改太医令为院使，太医丞为院判。永乐十九年迁都北京后，南京太医院仅设院判、吏目各1人，掌管医事，下设医士和医生。同时于北京建太医院，设院使1人，院判2人，御医4人(后增至18人)，吏目1人。隆庆五年(1571)设御医10人；吏目10人，下设医官、医生、医士若干人。
两京太医院均设有生药库，设大使、副大使各1人，掌管药物。每年药材由产地派人解纳，按药材的质量、炮制、燥湿程度分类。由太医院御医和药库大使辨验入库，礼部派人监放并登记造册，一式两份，一留太医院备案，一送礼部查考。生药库年入库量很大并逐年增加。
(三)太医院的分科
明代太医院分为13科，即大方脉、妇人、伤寒、小方脉、针灸、口齿、咽喉、眼、疮疡、接骨、盎镞、祝由、按摩，同元代13科相比，风科改为伤寒，金疮分为金镞和疮疡两科，杂科改为按摩，取消了禁科，较前代更适合临床需要。
太医院要求御医以下各专一科。隆庆五年(1571)太医院有御医、吏目共20人，统领13科，每科由一到数名御医或吏目掌管，下属医士和医生，各科御医或吏目人数为：大方脉5人，伤寒4人，小方脉2人，妇人2人，口齿、咽喉、疮疡、正骨、痘疹、眼科、针灸各1人，下属医士医生70余名。
(四)太医院的职能
1、医疗保健
太医院御医以上每天分两班在内府御药房值班，为皇帝及内宫嫔妃服务。遇皇帝出巡，太医院医官作为随行，沿途为皇帝、随行官员和侍卫作保健服务。
各亲王府、藩王府及接待外宾的会同馆均设有医官，他们遇有疑难病症，常向太医院请求医药方面的帮助。明代规定，各王府请医，不能直接向太医院提出，须上奏皇帝，经批准后由太医院奉旨派遣医官或医士前往诊治。文武大臣及外国酋长有病，太医院亦奉旨往视，将治疗结果具本覆奏。发现疫情，太医院有向军队、监狱、边关隘口等处派遣医官治疗的任务。
2、医官的任免与派遣
全国各府、州、县的医学机构中的医官，均由太医院考核委派。《明史·职官三》载，全国各府、州、县的惠民药局，边关卫所等处所设医官、医士、医生，俱由太医院派遣，年终考查其功过，以为升迁任免之据。据《古今医统大全》卷三记载，明太医院外遣医官达150人。
明代宫廷除为皇帝服务的御药房外，还设有专为皇太子、后宫嫔妃和王府服务的医疗机构。
(一)御药局和御药房
吴元年(1364)，朱元璋设尚药局，尚药御奉品阶为正六品。洪武六年(1373)，内府设御药局，始置御医。御药局设尚药御奉2人，直长2人，药童10人，俱以内臣充之。御医4人由太医院医官担任。御药局主要任务是监制御用药饵，兼管收储各地进贡的名贵药材。
1373年又设御药房，由提监、太监理其事，近侍医官无定员，分两班掌管御用药饵，官阶与太医院医官相似。
嘉靖十五年(1536)，改御药房为圣济殿，又设御药房，由御医轮流值班。万历三年(1575)，圣济殿造御药库关防印一枚，由提督太监收管，以凭传取，年终将传取药材及剩余数额等项造册，送礼部查考。
(二)东宫典药局
洪武二年(1369)，东宫设典玺、典药、典膳、典服、典兵、典乘六局。每局设局郎1人，局丞1人，内使10人。典药局郎、局远及内使负责皇太子的医疗保健。
京师各亲王府在承奉司下置司药2人，以司亲王府的医药工作。建文间(1399～1403)。京师亲王府增设典药1人。
(三)后宫医药机构
洪武五年(1372)，后宫设六局，由尚食同负责医药，内设司药2人，掌管医方和药物，并有典药2人，掌药2人，均由女官充任。永乐间(1403～1424)及其后，这些职务均转由宦官担任。
皇后及嫔记有病，多由太医院医官诊视。后宫设安乐堂，专供后嫔养病；设有月子房，供宫内孕产用。后宫设医官3人，医士36人，还配有稳婆、乳婆、医整数十人。
(四)王府良医所
明代备藩王府均设良医所，主管王府医疗保健。洪武四年(1371)，良医所设良医正、良医备1人，寿官数人，俱从文官，由太医院推荐，吏部任命。杰出医药家王履、李时珍等曾任过王府良医。
洪武十七年(1384)规定，府、州、县均设专职医官。府设医学正科1人，州设典科1人，县设训科1人，负责辖区的医药卫生。据《顺天府志》等载，各县还设有惠民药局、养济院和安乐堂。
(一)惠民药局
明代沿袭宋元旧制，于洪武三年(1372)在南京、北京及各府、州、县均设惠民药局，两京惠民药局由太医院统辖，设大使、副使各1人，各府惠民药局设提领，州、县设医官。
惠民药局是为平民诊病卖药的官方机构，掌管贮备药物、调制成药等事务，军民工匠贫病者均可在惠民药局求医问药。遇疫病流行，惠民药局有时也免费提供药物。
惠民药局的设置及管理均很不完善，许多药局有名无实或有医无药，或局舍破败。
(二)社会福利组织
洪武七年(1374)，设养济院，收养鳏寡孤独贫病无依者，工匠、军人及其他老弱病残者，都是收养对象，院中有医官担任治疗。所需物资由所在府、州、县按时供给，永乐间(1403～1423)全国州、县普遍建立养济院。水乐十五年(1417)，京师民工中疾病流行，为此设立了一座临时性的民工医院，称安乐营。
明末广东出现民办育婴所。据《广东通志》裁：广东马应勋，字目明，建育婴所，存活婴孩无数。洪武三年(1370)，令全国各州、县设立义冢，掩埋遗骨。各州县奉令择宽闲地立义冢，凡贫穷无地可葬者，均可葬于其处，并禁水葬和火葬。天顺四年(1460)，京师于崇文、宣武、安定、东直、西直、阜城等门外，各置涌泽园一所，以收埋遗骨。
隆庆二年(1568)，我国建立了最早的民间医学学术团体“一体堂宅仁医会”，它是由徐春甫等在北京发起和创办的，据徐春甫《医学入门捷径六书》中所载。“一体堂宅仁医会录”一文，可窥见其组成、宗旨和会款等内容。宅仁医会的成员多为集于京都来自全国各地的名医；会中多数人来自安徽，如徐春甫之师汪宦、新安名医巴应奎等：还有来自江苏、河北、湖北、四川、福建等地的名医，先后入会者达46人。医会的宗旨在于探讨医药学术，要求会员深入研究《内经》及四家学术之奥秘，提高医疗技术；讲求医德修养，深戒循私谋利，会员间真诚相待。存善去过，团结互助，患难相济。医会提出22项会款作为对会员的具体要求。具体款项为：诚意、明理、格致、审证、规鉴、恒德、力学、讲学、辨脉、处方、存心、体仁、忘利、自重、法天、医学之大、戒贪鄙、恤贫、自得、知人、医箴、避晦疾。从治学内容、方法、态度到医学家应具有的思想素质、道德品质、处世接物方法、对待患者的态度等，都作了具体规定。