一、与阿拉伯国家和地区的医药交流
1206年蒙古国建立后的三次西征，给各国人民及本国人民带来严重灾难，但也开通了东西方交通的宽阔大道，在客观上对与阿拉伯医药交流的发展增加了很大便利。同时，为适应自身生存与军事扩张的需要，蒙古军队对包括医生在内的各种匠艺人员采取了一定程度的保护措施。蒙古统治者在所征服的地区征召医生为自己服务，这样，在当时蒙古最高统治者周围就逐渐集聚了一些著名的中外各族医生，如为蒙古太组成吉思汗(1206～1227年在位)服务的就有信奉景教的回回医生，诸多域外回回医生以医药服侍于蒙古统治者，这本身就是中国与阿拉伯医药交流的一种体现。而且，按照常理，回回医生与汉族医生既然同时服务于蒙古统治者，相互之间应该有直接接触，也可能进行过某些医药方面的交流活动。
在当时来往的一些使节中，世颇有本身即为医生或留意于医药者。如1254年由鲁本国(今日土耳其)派遣东往觐见蒙古宪宗蒙哥的使节叔札乌丁，就是一名医师，其后不久，有中国使节常德自和林(即哈喇和林，窝阔台于1235年建为蒙古国国都，今蒙古人民共和国厄尔得尼召北)西行觐见旭烈冗，由刘郁撰《西使记》记其事，书中记载了一些关于回回医药的见闻，增加了当时中国人对回回医药的认识。书中所载的阿只儿、阿息儿、奴哥撒儿三种回回药物，后来《本草纲目》即据以收录。
忽必烈统治时期(1260～1294)，继承并扩大了成吉思汗以来所推行的重视医学，积极对外开放以及对各种宗教采取的兼容并蓄、广事利用等政策，使中国与阿拉伯的医药交流得到了较大的发展。
元廷专设有“西域侍卫亲军”等主要由回回人组成的侍卫部队，为了满足大量回回军士的医疗需要，以及处理回回药物的输入等有关事宜，忽必烈时期先后设立了西城医药司、京师医药院、广惠司、大都(忽必烈定为元都，今北京)与上都(即开平，元夏都。今内蒙正蓝旗东)回回药物院及回回药物局等6个回回医药专门机构，这些机构的创始者是来自叙利亚西部的拂林(东罗马帝国)人爱薛(‘Isa,1127～1308)。爱薛是唯一在《元史》中立有专传的回回医家，他及其家人在元代为回回医药在中国的传播起有重要作用。
除了回回医药专门机构外，在太医院、典医监等中国传统的医药机构中，也先后有野里牙(爱薛长于)、铁树、曲抠等多名回回人土人仕并担任领导工作，说明回回人士在元代医政机构中的影响是较为广泛的。全国统一后，中外交通一度极为畅通，出现中外各民族的大迁徙和广泛的民族杂居现象。除在元廷任职外，还有很多回回医生散居中国各地，在民间行医或卖药。在元人的诗文笔记中，记载着不少赞誊回回神医奇药的篇章，足见其影响之广泛。
元代回回药物输入的途径之一，是诸汗国的“进贡”。伊利汗合赞、不赛因诸王先后多次遣使向元廷进贡，在所贡物品中，回回药物占了很大比重，其中多有珍奇之品，如1332年10月，不赛因“遣使贡塔里牙八十八斤”，即属此类。1320年7月回回太医进药“打里牙”(即塔里牙)，一次酬其值竟达15万贯之巨，其进药数量之大足以想见。上述药物的进贡，由于一般均从元廷领取大量的回赐，实际上带有贸易的性质了。
忽必列时期采用的促进农业和工商业发展的经济政策，直接或间接促进了中外医药交流的发展。如对外贸易的繁盛，直接带来了与阿拉伯、东南亚等地的药材贸易的兴旺，这不仅是元代中外医药交流的一个重要方式，而且也成为元代中后期这种交流的一个显著特点，元代的对外贸易分陆路和海路，在南宋灭亡以前，陆路贸易是重要的。沿着古代的丝绸之路，商队络绎不绝，通向中亚、西亚和黑海北岸。回回商人是当时对外贸易领域中最活跃的势力，回回药物是他们经营的主要货物之一，有不少回回商人还直接在各地以卖药为业，这种习俗一直延续到元以后。元代统治者对回回药物很感兴越。如自波斯等地运入的橄榄油，他们“皆以重阶收买之，宝藏之，视若无上之药物”，在《回回药方》中可看到不少方剂内运用此药。回回药物输入的另一途径是经海路。据元人汪大渊《岛夷志略》记载，当时中国商船在同波斯湾地区的贸易中，运回不少药材，如甘埋里(今伊朗哲朗岛)的丁香、豆蔻、苏木、麝香；挞吉那(今伊朗塔黑里一带)的水银、硫黄，加里那(今伊朗西南沿岸)的水银、苏木；波斯离(今伊拉克巴土拉)的大风子、肉桂等。元代大量回回药物的输入，及一些回回药物在实际中的应用日益广泛，促进了当时人们对回回药物的认识和研究，某些回回药物并为中国本草学所吸收。逐渐华化为后世所习用的中药。《饮膳正要》在药物方面，也注意“本草有未收者，今即采摭附写”，收载了马思答吉、必思答等一些回回药物。
除药物外，当时还有大量回回方剂也输入中国。《史集》提到，当时有一些峻烈的蒙古药剂，被称为“合只儿”，这一名称的语源来自“合迪儿”。而“合迪儿”一词为阿拉伯语“伟大”、“强盛”之意（《波其》拉施特《史集》余大均、周建奇译，第一卷，第一分册，第三1版，北京：商务印书馆，1983：201），显然，这类药剂与阿拉伯医药有着密切关系，在《饮膳正要》、《回回药方》等医著中，尤其是后者，更收录了众多的回回方剂。又如当时蒙古统治者对一种原产于回回地面的校称为“舍儿别”的糖桨制剂很感兴趣。我们知道，糖浆制剂、果实浸剂等是阿拉伯医生在中世纪时的药物实用领域中获得的重要成就，并为阿拉伯医药中习用的药剂。舍儿别即属元代时兴的此类制剂，当时因果品取用之便，元廷下令在闽浙、云南等地专门制造，并作为地方贡物而源源不断输入中原。舍儿别一类制剂，至清代赵学敏《本草纲目拾遗》中尚有记载。现存《回回药方》，（残卷）是研究元代中外医药交流史的一部值得重视的著作，它较为充分地反映了有元一代中外医药交流，尤其是与回回医药在临证实践方面交流的丰硕成果。书中载有一些古回回医人姓名，从现存残卷辫识统计，共约20名左右。这些古回回医人中多有中世记时著名的阿拉伯医药学家。《回回药方》不但是一部反映元代与阿拉伯的医药交流的总结式著作，实质上也是世界范围内东西方长期医药交流与融合在中世纪末的一个宝贵总结，是研究世界医药交流史的一部值得重视的中国医药文献。
在回回医药传入中国的同时，中国传统医药也在元代西亚、西南亚主要的伊斯兰国家伊利汗国广为传播。旭烈兀西征时，曾征调汉人匠师上千人随征，其中包括许多中国医生，并带去了中国的医学、历算等各类书籍，这些医生有不少人后来留在伊利汗任职，伊利汗国建立后，伊利诸汗十分注意吸取中国科学、医学、艺术和史学的成就，并对中国文化的西传充当了重要的媒介。1295年，阿鲁浑子合赞继任第七位伊刊国汗，他非常重视与元朝保持密切关系。合赞年功时即受过中国文化的熏陶，及长，通晓中国史事，并略知汉语。他颇有医药知识，熟悉植物及其功用，了解中国特产的草药。合赞患病时，常让中国医生治疗，他还注意招致中国学者帮助伊利汗国发展科学文化，如当他命令纂辑《被赞赏的合赞史》一书时，曾由拉施德丞相招致中国学者李大迟与倪克孙二人协助工作，合赞汗的继任者完者都汗继续遵循了合赞汗上述发展经济文化的各项政策。
伊利汗国著名的政治家、医生兼学者拉施德(Rashid al-Din al-Hamdani，拉施德·阿尔丁·阿尔哈姆丹尼，1247～1318)，为中国医学在伊利汗国的传播付出了辛勤劳动。约于13世纪末、14世纪初，他主持译编了一部波斯文的中国医学丛书《伊利汗的中国科学宝藏》，参加编译工作的医生和学者，有波斯人、汉人和波斯裔中国人。这部丛书包括四部中国医著的译本，第一部是《王叔和脉诀》的全译本，说明此时阿拉伯医学对中医脉学的了解较前代更为深入。后面三部书分别介绍了经络针灸、本草、疾病防治与养生等内容（参岳家明《中国医学在伊朗》中华医史杂志1981：14（1）：28）。这部丛书是较早由域外医学家和学者在政府支持下有组织地译编的中国医学专著，它不仅对当时波斯人民了解中国医药文化起了积极的促进作用，在中国医学向西南亚伊斯兰地区的传播史上具有较为重要的意义，也是古代中国与波斯地区各族人民友好往来的历史见证之一。
多种中国药材也在蒙元时期输往阿拉伯国家和地区。著名的阿拉伯药学家拜塔尔（1197～1248)所著的《药用植物大全》中。首次收载了大黄、姜、新疆源柏等中药。大约在13世纪，蒙古人通过西夏和畏兀儿地区，将饮茶的习惯传到了亚洲西部。前往波斯湾地区贸易的中国商船，运去不少药材。
元代中国医学在伊利汗国的传播，加强了中国医学在阿拉伯地区的影响。元亡后不过半个世纪，郑和曾三至波斯的忽鲁漠斯一地(今位于伊朗东南部的波斯湾旁)，发现该地“医卜、技艺皆类中华”（清·张延玉等《明史》卷326，PS153，第三者版，中华书局点校本，1976），这种现象显然与元代中国医学在当地的传播分不开的。另一方面，由于伊利汗国是当时东西方交流的枢纽之地，而阿拉伯医学又吸收了一些中国医学的内容，因此阿拉伯医学还成了向欧洲传播中因医学的重要媒介。
二、与欧洲、印度、非洲的医药交流
此时期中国与阿拉伯诸国并通过这一途径与欧洲各国医药交流频繁，元代蒙古人西进与欧洲人多次交战，此时西方诸国也曾派遣传教士来华，并在北京设有主教和教堂。这一切都促进了东西方医药的交流。法国传教士卢白鲁克受法兰西国王圣路易之命，出使挞靼诸王之廷，他著有《纪行书》，其中谈到了中国的风土人情和医药情况：他本人原通医术，曾在教堂中为平民百姓治过病。
元蒙时把西方来的医师和阿拉伯医师视同一体，因为中古时代的阿拉伯是沟通中亚与欧洲文化的渠道，很多希腊文译成阿拉伯文，从某种意义上说，当时阿拉伯和欧洲的科学文化是融为一体的。因此传入中国的回回药中有阿拉伯医药成份，但更主要的还是希腊、罗马医学的体系。
三、与朝鲜医药交流
契丹、女真聚居地与朝鲜直接接壤：据《高丽史》载，在古代，契丹与朝鲜、女真与朝鲜之间经常不和，也有修好之时，修好之时互贡方物，进行文化交流。
元代，中朝两国之间的医药交流比较密切。两国之间互派医生诊病传医术。元世组至元十二年(1276)八月，元帝遣德新等医生抵高丽王宫，至元三十年，(1293)十一月，高丽王派将军高世来中国向元帝请求派医生，同年十二月，元帝派太医姚生赴高丽。元成宗元贞三年(1297)六月，元遣太医王得中、郭耕去高丽。元末，中国河间人李敏道去高丽留居，高丽授予他为典医正和尚山君，于1395年在朝鲜去世。朝鲜也派医生来中国从事医疗。元世祖至元二十二年(1296)三月，元世祖帝有病求高丽派良医。高丽先后两次派尚药侍医薛景成来元朝廷，为元帝治病，对此，元世祖帝“赏赐甚厚”。
医事制度方面，高丽忠烈王沿用元制，在司医署里配备“提点”二名，给银印。元代的征东行省里设了医学提举司，一个时期由高丽医人担任了这个司的官职。
元代两国之间的药材交流比较频繁。据《高丽史》载，元世祖至元年间，成宗贞元、大德年间以及顺帝至正年间，高丽忠烈王和恭愍王先后八次遣使来中国向元朝廷献人参、松子、木果、榧实等药物，元朝廷先后九次向高丽王惠赠葡萄酒和香药等药物。元世祖中统八年（1267）九月，元世祖患脚肿病，闻见阿吉儿合蒙皮(一种鱼皮)做的鞋能治此病，故派必暗赤廉孛鲁等9名使者去高丽求此物，高丽元宗王将17个阿吉儿合蒙皮赠送元使。在元代，高丽通过中国输入引沉香等南国产药物。据《高丽史》载，元惠宗年间，浙江、江苏一带的地方官张士诚、张国珍、王晟等人经常向高丽赠送了沉香等南国药物，烧酒蒸馏法也是在元代传去朝鲜的。
四、与日本的医药交流
元朝对日本的海禁不严，甚至颇为宽大。日本方面，商人来华颇多，无名僧人更多，且皆为搭乘商船到华，由政府派遣者不多。这些商船贸易以织物类为主，但香药自古仰仗中国供给，这个时代自不例外。
此期间，日本国内有名医于嘉元元年(1303年)撰《顿医抄》50卷，正和四年(1315年)又撰《覆载万安》62卷（刘伯骥《中国医学史》第671页，华岗出版部出版，台北，1971年），内容与《医心方》相近，据说其自称读方书二百余部、二千余卷，皆汉魏唐宋经验之方，加以试效而纂集并附己意而成。内容大抵引述宋以前中国医籍，而新奇疾病名目增加，病理主探五运六气学说。又有僧有邻于贞治年间(1362～1367年)撰《褐田方》12卷，集和汉医著100余部，亦蔚为大观。
五、与东南亚各国的医药交流
据《大越史记》所载，元代针灸医生邹庚到越南行医，治病神验，被誉为“邹神医”。官至宣徽院大使兼太医使，元世祖也曾数次赠医药于安南国，《新元史》记载占城输入中国的药物有犀角、龙脑、沉香、乳香、豆蔻等，1291年罗斛国(今缅甸)遣使入贡犀角、龙脑等（明·宋濂《元史·世祖纪》，卷十三）。
元·周达观于元贞元年(1295)随使赴真腊(今柬埔寨)访问，两年后返回，在其著《真腊风土记》中记述了真腊出产的犀角、降真香、豆蔻、紫梗、大枫子油等药。在该书“欲得唐货”中记载了中国的麝香、檀香、草芎、白芷、焰硝、硫黄、水银、银珠、桐油等深受真腊人欢迎和喜爱，该书中还记载了真腊人的医药卫生风俗。如“男女身上，常涂香药，以檀麝等香合成。”“(真腊)国人寻常有病，多是入水浸浴，及频频洗头，便自痊可，……亦有货药于市者，与中国之药不类，不知其为何物。”从真腊国当时癞病(相当于麻风病)流行和对大枫子的药用推测，真腊人已积累了防治麻风病的经验。
六、中外医药交流的评价
（一）中外医药交流，属于跨文化传统的范畴。
不同文化之间互相一旦有了接触或碰撞的机会，此种传通的过程就不可避免地要发生。但是，这一过程的兴衰久暂，却受到其它因素的制约或影响，并不完全是一个自发的过程。中国医学的固有传统体系又具有很大的涵容性，外来医学理论等既无法超越这一体系，也就无从言其冲破。而中医理论本身却有宽广的胸怀和足够的间隙来接纳它们，丰富自己。金元时代外来医药达到最为兴盛的地步，同时也开始了多种医药并存共荣的局面，此实中外医药交流史上一段佳话。
（二）中外医药交流的特点和影响：
首先是交流较之过去空前扩大了。而医家的传播、吸收也比过去更加增多和有效。例如《回回药方》、《钦膳正要》的编纂，既是传播了阿拉伯、回、蒙等族的医药文化，同时吸纳了中医文化，本身就有交流结晶的双重含义。在元代中医药学家与回回医药学家之间，从未未见有互相非议排斥的记载。即使他们也没有怎样合作携手，至少是和平相处的。各自进行的医药治疗，必然也是平等竞争，没有谁压倒谁或谁取代谁的问题，唯取有效之方也。
亦因此，双方在理论体系上均无大的影响。中医药被采纳进回回医药体系构成之中，但不能改变其来自阿拉伯医学理论的基本架构；同样，中医学采用阿拉伯的香药治疗诸法，也极大的丰富了中医学治疗方药，而于理论体系根本毫无触动。互相多是为我所用，取长补短而已。