藏医学在公元八世纪奠定了坚实的基础，这与当时的政治经济形势是密切相关的。从吐蕃王朝的统一，到赤松德赞藏王执政的二百多年间，社会经济高度发展，政治形势稳定，为藏医学的发展提供了较好的条件。
在后弘期里，佛法大兴。孟加拉高僧阿狄夏除从事讲经外，他也深谙印度古代医学，在西藏亲自传授印度的“医学八支”，对于藏医学的发展起十分明显的影响，他曾编译《头伤固定外科手术治疗》等著作，也是这一时期医学发展的一个特点。
这段期间里，西藏的医学有几个特点，值得特别提出。
首先，是较大量地翻译印度医学的著作。出现了一位著名的藏族译师洛青·仁钦桑波(958～1055)，他将当时阿狄夏带来的书都译成藏文，这些书有古印度的医学著作《八支集要》及其注释专著《月光》，另外，重要的印度医学著作《八支集要自注》也由藏族译者宁保·益格仁钦、玛鲁·热巴须努、益古格隆·夏甲洛珠也与天竺学者达玛希瓦尔玛合作共同译出。通过这些活动，古印度医学的八支学派内容才开始在西藏流传，并与固有的藏医学结合起来，仁钦桑波还培养了许多弟子，成为藏区的名医，这些人包括娘德桑给扎、释连益西穷乃、吾曼阿纳、芒木曼尊。在这四人当中，芒木曼尊最为突出，整个卫藏地区的医生都前来拜他为师，在这些弟子之中，芒卡其吉比较有名，他又与自己的弟子响顿西布·土吉赤卫共同编写了一些医学著作，包括《知识总纲·幢顶闪光》、《领会章节内容钥匙》、《消除魔障疑难雷轮》、《八支词意详释珍珠串详本·略本》、《亲传实践·老妇直接讲授甘露滴》等等。由他们的弟子辈们又写出了不少医著，使藏医学得到一些发展，这里值得提出的有后面两人培养的弟子藏堆玛贡布编写的《纪要》、《精要》；其再传弟子象雄的巴西绕沃(又名考洛杰布)的《佛陀总纲·金库》等，传授给宇陀·加嘎多吉，其继承的范围是很广的。
其次，是关于新的出土医书不断出现，在藏区，把从隐藏的地方发掘出土的经籍或法器称为“伏藏”。有关“伏藏”的原因，说法不一，总之，多是在赤松德赞之后被埋藏的，这一时期有很多吐蕃王朝写成的医书，不断被发掘出来。其中如定日地区掘出的莲花生编的《精华甘露瓶》，在洛扎地方出土的《茅膏菜养生方》，在达旺地方出土的《医药甘露宝瓶》，在隆子地方出土的《救命甘露》等等，但最具重大意义的当推从桑耶寺宝瓶柱下取出了赤松德赞时期埋藏的《四部医典》。
宇陀萨玛凭他的医学功底，以及在印度、尼泊尔等国家游学时所积累的经验，对《四部医典》做了十分深入的调查研究。由于这部书著成以后，西藏的社会经历了变化，已过去了四个世纪。有许多新的著作、人物问世，积累的经验也很多。于是，他对老宇陀的原著进行了一些注释性的补充和修改，使其内容更加充实。为了弘扬《四部医典》的奥义，宇陀萨玛还自己撰写了一些著作，其中有《四续亲阅》、《十万拳头》等医著。他所增订的《四部医典》已经成为后代《四部医典》的定型。
最后，就是这一历史阶段的萨迦王朝的医学发展，以昌迪家族的医学成就为其突出特点。昌迪家族家传的密诀医籍为《甘露引渠》，后来整理成为文字材料，称成《昌迪·花卷》、《红卷》。经数代发展，到十三世纪，昌迪·加佩桑布继承父业，练习医学八支的正文及注释。他著有《后续五部实践小卷》、《治小儿妖魔》，并在萨迦传达室授《四部医典》医学八支等方面的教导。他的小儿子名昌迪·班登措吉是这一时期较有影响的藏族名医。他为这一时期藏医学的发展做出许多贡献，功德无量，他的医学著作大小共十八种，其中较著名的有《八支总纲》、《经义注疏医学大纲·知识明窗》、《释难玛拉呀》、《根本续注释·续义明窗》、《释难后续注择·三理明辉》、《脉经广注阳光》、《水经注词义明释如意宝》、《后续配药例图》、《体腔区位线分布明灯》等。还有《解剖明灯》、《药物蓝图》等。其中除对《四部医典》的创造性注释和发挥外，对人体的解剖和药物图谱的编绘，也都有独到之处，为后世藏医发展做出重要贡献。
昌迪，巴登杰赞是斑登措吉的侄子。他从后者的教益中得到六种白色配方，把它们收集在一起，编著了《诀窍金升》和《银升》，也是萨迦时期的重要著作。
除昌迪家族之外，这一时期的医家还应当提到阿里芒隅的噶玛·让穷多吉(1284～1339)。他著有一部《药名海》，是经典性的药物学著作，全书共载药830多种，为后代医家所推崇，经常予以引用。另外，藏历第六绕迵木牛年生于后藏地区昂仁县沃边拉孜的唐东杰波(1361～1485年)，终身全心全意为藏医事业献身，珀东·斑智达吉美扎巴(1375～1451)，著有《婴儿疾病治疗法》、《儿病治疗莲花珍链》；1405年达仓译师协绕仁钦也著有包含医学史，医药学总义的《贤者意乐》和实用药物精选著作《手到病除》、《文汇总汇》等，都是很有影响的藏医学著作。
由于文献资料的缺乏，关于早期蒙医学的历史很难做出系统的研究，目前只有一些零星片断的记载，做为早期蒙医史的参考。
大约在秦汉时期，蒙古族的祖先就会制造极其简陋的茅庵，蒙古族称为“茅草安布拉”（《蒙古秘史》内蒙古文化出版社1984，蒙文版，第27条），这是人们为了躲避野兽侵袭在树杈上营造小屋。以后，逐渐过渡到适合游牧生活的毡包(即蒙古包)、篷车。
对环境卫生，当时已知道要保持水井、挤奶场附近的卫生，严禁在其附近随地大小便。
在个人卫生方面，蒙古族人也早就知道洗手洗脸，凡早起必先洗手洗脸，饮食前也要求洗手洗脸，外出时各人随带碗筷。在十三世纪左右，人们已经有戴纱布口罩的习惯（《马可波罗游记》中华书局，1955，34页），在挤马奶前，都要求先洗手，挤奶桶也要求用沸水洗涮。
随着医药卫生习惯的萌芽，医药知识也积累起来了。应该说，这个时期的蒙医学还缺少系统的理论知识，而只有初步的理论萌芽。
十四世纪时，古印度的寿命吠陀医学的某些内容随着佛经传入内蒙而输入，如印度的《金光明经》就是在此时由当时著名翻译家希日佈僧格参照畏兀儿和藏文而译出的。在这部流传甚广的佛经中，第二十四章为《养生八吠陀经》。其中有：“治疗赫依(气)症、希拉(胆)症、巴达干(痰)症和聚症”的内容，这说明，当时已经有古印理的医学内容传入。这部佛经中对这三种病症的发作时间、治疗这些病症的药物的性能、品味，六时(即印度的六个季节)病症，也都有所涉及，与此同时，古印度的四大元素学说，即土，水、火、风也随之而来。这些终于与蒙古医学朴素的理论结合在一起，成为蒙医学中最基本的理论内容。
在这一时期，蒙医学的实际医疗积累了十分丰富的经验。尽管萨满教巫师这时还掌握一定的医疗技术，做为他们谋生的手段，但广大民间以及专业人员还是在实践中与疾病进行斗争，使蒙医学的内容逐渐丰富起来了。这些医疗实践经验大致有如下这几方面：
(一)饮食疗法：
蒙古族的祖先过的是游牧生活，他们的食物自古以来就以动物性的食物为主，最主要的是肉食和乳食，肉食与乳食都具有很高的营养价值。更值得注意的是他们保存、制作乳食品的技术对于改善身体营养状态，提高体质的作用。据史书记载，蒙古族的祖先匈奴人早在汉代就已经知道酿制酸奶和制造奶酪，用奶酪救治急症的一例。这种方法在民间也是流行的。
蒙古族古代有“病之源，食不消；药之源，百煎水。”的谚语。百煎水是即经煮沸多遍的开水。这些都是简便的饮食疗法，与生活习俗密切相关，但最能反映蒙古族饮食疗法的精华的，当推元代饮膳太医忽思慧的《饮膳正要》。
(二)急救治疗及脏疗、皮疗等：
由于蒙古族过的游牧生活，特别是在战乱期间，战争外伤、摔伤等等，是很常见的，这就促成蒙古医学中的外伤急救治疗，包括骨折、脱臼等骨伤科，以及因疼痛、失血、脑震荡等一类疾病在蒙医学中占有重要的地位。据有关文献的记载，就地挖掘坑穴，以急救失血或昏迷患者，从汉代匈奴开始即已应用，如苏武在匈奴地区自刎后用此法急救，武威汉代医简也有类以记载。
蒙医还有传统的瑟必素疗法、皮疗法及脏疗法。瑟必素指食草类反刍动物附胃中的食物，取出后，趁热把它敷在患处，以治疗寒冷症，皮疗法则是将动物杀死后，剥其皮并趁热将皮贴在患肢患处，也有驱寒散寒的作用，甚至妇女子宫寒症，也可蹲坐于动物附胃上以散寒。
蒙医脏疗法与上述两种治疗的原理相似，只是把瑟必素中的反刍胃中的食物或动物皮疗改为用动物的五脏。把新宰的绵羊等动物内脏趁热敷在患处，如把新宰羊的双肾敷在患者双耳、肝脾敷在肝脾部位。也还有利用动物的内脏内服治病的，这实际上属于脏器疗法的内容。
与此相类似的，还有一种急救术，即将病患者纳入动物腹内。这种疗法可能是前述的掘地为坑烧热后放入病人急救的发展。如成吉思汗时期其大将军布智儿“从征回回、斡罗斯等国，每临敌必力战，尝身中数矢，太祖亲视之，令其拔其矢，流血闷仆几绝，太祖命取一牛，剖其腹，纳布智儿于牛腹，浸热血中移时遂苏。”（《新元史·布智儿传》第26卷，中华书局）。
(三)针灸、按摩、放血等疗法：
针刺术在蒙医学中也占有一定的位置，在内蒙多伦地区发现的石器时代的石针，伊克照盟发现的匈奴时代的青钢针，都说明蒙医学早已有针术的应用。但由于文献的缺乏，难于断定当时针刺术的具体内容，不过用针刺放血治疗，则是是蒙医治疗中常用的一种方法，藏医著作《大宇陀传记》中就写有“来源于蒙古地区的放血疗法”的内容，说明蒙医的放血疗法起源是很早的。
火灸疗法起源较早，在广袤的草原上，尤其是严冬，牧民们十分需要火的温暖。蒙古族的祖先很早就学会用火，提高了身体的健康水平和保健。在实践中知道用火来温烤身体病痛的部位。后来，灸法就被称为“蒙古灸法”，如藏医的《由部医典》就有“蒙古灸法”的记载。据载，这种方法是将“小茴香拌油加热后用毛毡包扎”的一种热灸法，传统的蒙古火灸法用具是火镰、燧石、白山蓟绒三种，最早期用的并非用艾篙。
至于按摩术，蒙古族人民用得也很普遍。后来，用来按摩的还有黄油或其他油类。按摩时，有的用银碗，或直接把奶或油涂手掌上，进行按摩。银碗是一种没有底座，近乎半球形的碗，用圆滑的底面按摩。
(四)药物治疗：
早期的蒙古族人民用来治疗的药物，是取自广阔草原和大森林中的现成的自然赐予。直至十三世纪，还没有有关蒙药的专门著作，而只是在其他的一些著作中，提及一些有关蒙药的内容，如《饮膳正要》中提到的赤赤哈纳，就是沙棘，已经提到如何做成膏剂的方法。大黄也是常用的蒙药，如蒙哥可汗的胡图克皇后就曾接受大黄药浴的外治。再如蒙古地区的特产肉苁蓉应用也是极普遍的。《饮膳正要》、《瑞竹堂经验方》等书中均已提到。其他植物药还有八旦杏、人参、杏仁、甘草、山枣、百合等。
(一)西辽时期的回鹘医药
我国北方少数民族契丹族于916年建大契丹国，938年改国号大辽，其西境直达叶塞尼河上游，与高昌回鹘、喀喇汗国接邻，互相贸易十分活跃，其上京汉城因之设有“回鹊营”。回鹘文化甚至景教(基督教)亦于此时传入辽地。
这时期的回鹘医药文化有了更多成分和溶合。塔里木盆地南缘还出现了一个出色的医学家艾拉·伊丁·穆罕默德·和田尼，他出生于和田伊里奇肩波孜热纳村，就学于和阗，后到喀汁、布哈拉深造，并拜师访友，成了一个博学多才的医生。后来积多年亲身体会和经验，写出了《医学结晶》等许多医学著作，他还在当地开办的经学堂教授生徒，培养了许多医生和科学家。但至1211年，屈出律夺得岳父的西辽政权后，所有书籍被烧毁，医学典籍遭践踏。
(二)元蒙时期畏吾儿医药
1217年，蒙古军队进击屈出律，回鹘成为成吉恩汗西征欧亚大军的组成部分；元蒙帝国中亚、西亚、包括新缰西州移民和宿卫既多，阿拉伯医药更加快了传布，1263年爱薛掌管西城星历、医药二司，1270年设广惠司，皆与此有些关系。
这时期塔里木盆地基本倾向于稳定，医学也受到重视。喀什、莎车等地的学堂教育日益兴旺，还建立起专门的医疗机构，并鼓励医生们著书立说及从事翻译工作。阿拉伯、波斯文中的《提比·玉素夫》、《考黑日·哈日考才夏》等书被译成察合台语；由撒马尔罕人著成的《鲁则提沙怕》(《察合台医生历史》)是用察合台语写成的。还有许多医书手抄本印有国王印玺。根据当时著名诗人阿不都热衣木·纳扎里的诗著记载，汗国后期在塔里木盆地成长起来的著名医生努肉孜阿訇，一生中培养了许多徒弟，他擅长利用当地草药为患者治病。后半生行医于麦盖提，那儿的人民对他的墓地十分崇敬，称作“努肉孜阿訇寝陵”。
当时非常出名的用察合台语写成的长诗《古里与努诺孜》及后来的《赛卡克诗集》等中也都赞美了畏兀儿的医师和药物。
米尔咱·马黑麻·海答儿是一位军事家、文学家，同时也是医学家，博学多才，熟悉医术方药。擅长外科手术。
元代，我国傣族聚居的大部分地区，已进入了封建领主经济的社会形态。元世组忽必烈在云南开创土司制度后，傣族封建领主的世袭统治制度得到了中央政府的法定认可，从而使傣族社会内部在经济、政治、文化等方面，获得了相对的独立和稳定，这种社会状态一直保持到清代。上述这一较为封闭的社会环城，更加之地处边远交通不便的地理因素，这是傣医学作为一种独特的传统医学体系得以长期保存和发展的历史环境。
傣医学在经历了漫长经验医学积累的过程后，至元代已逐渐地向理论医学阶段过渡。出现了有文字记载于贝叶上的具有系统医学理论的典籍及临床医书，对于元代以后傣医学理论的形成，与这一时期中佛教文化在傣族社会内的传播有着十分密切的关系。
傣医学理论形成的另一重要因素是傣文的出现。傣族传统医学随着傣文的发明，已从对疾病的感性认识向理性认识的阶段过渡，其医学经典理论，多混于经书之中，如《巴利藏经》中的“三比达嗄”。《经藏》中的“苏典打”，《律藏》中的“惟乃”。《论藏》中的“阿毗倘玛”等都是有关傣医学理论的记载。其中尤以“阿毗倘玛”记载最多。而有关系统论述傣医学基本理论的第一部专著，则是《嗄牙桑卡雅》。
《嗄牙桑哈雅》是傣医学的理论基础。该书阐述了傣医学对人体生理解剖学、胚胎学的认识，人与自然的相互关系，在论述组成人体的要素以及与自然的关系是，世界是由风、火、水、土(傣语为塔、都、档、西)组成的，人体内也是由这四种基本元素所组成。人体的健康，即是体内四种元素自身的平衡并与外界四种元素平衡的结果，而一旦四种元素的平衡失调，就会发生疾病。如火盛则发烧，水盛则浮肿，风盛则四肢震颤，而土盛会出现冰冷，在对待人与自然，疾病与环境的关系上，傣医学根据傣族所生活的热带和亚热带气候特点，结合傣历一年三系，每系四个月的季节划分(傣历的三月相当于公历的一月)，得出了当地冷季、热季、雨季三个不同季节的发病规律和疾病特点。
傣医学中另一部值得提及的临床经典专著为《档合雅龙》，该书产生于公元1323年，全书在总结傣医临床实践的基础上，结合《嘎牙桑卡雅》的理论基础，论述了傣医关于人体肤色与血色，药性与肤色，年龄与药力药味的关系，运用相生相克的辨证法来指导疾病的诊断与合理用药。该书可为傣医学临床的经典专著。
傣族聚居地热带、亚热带的地理气候环境为傣医学提供了极为丰富天然药物来源，更有当地特有的野生动、植物药物。建立在理论基础上的傣医学，临床用药约有一千余种，可分为植物、动物及矿物三大类。按其药物的性质和作用可分为热性药(傣语称雅黄)；凉性药(傣语称嗄因)：平性药，按药性又可分为酸、甜、咸、苦、麻、辣、香等七味。在药物使用上按照傣医的理论，使用复方组成，一方少则二，三种，多则三十余种药物不等，有专方治病的，也有一病数方的。
关于傣医学临床实践的记录则是大量散播于民间的医学手稿，这种手稿称为《旦哈雅》、《丙利雅》，医学手稿记录和总结了傣医们长期以来积累的，对其傣医学理论实践的经验和认识；有趣的是，傣族社会内（解放前）并没有专职的傣医，傣族青少年进入佛寺当和尚。在佛寺生活的数年间，在接受宗教教育的同时，不仅学习了傣文，而且获得了本民族的传统文化，这其中含有傣医学的基本理论知识。还俗后，一些对医学感兴经的人，凭着从佛经中所获得的傣医理论，再运用流传于民间的医药手稿，而从事业余的医疗活动。这种医药手稿从而得到不断的相互传抄，在传抄中又不断地加以各自的补充、修订。随着时间的推移而丰富其手稿的内容，这种医药手稿从不署传抄者的姓名，这是因为对信奉佛教的傣族社会来看，傣族医药既然是佛主所创造的，在手稿上署上自己的姓名，是对佛的极大亵渎，这是不能允许的。
从上述关于傣医学简要历史，可见傣医学理论的出现约在元代，可以认为，傣医学是印度医学、汉族医学与傣族本民族医学三者有机融合在一起的独特民族医学体系。