与宋代明显不同，辽夏金元时期药物学著作的撰著者大多不是医官儒臣，而是临床医生。他们根据临床实际和用药需要，进行药性理论的总结和探讨，试图找出一条以简驭繁、由博返约的途径。
(一)对药性理论的探讨总结
1、药物归经学说的初步确定：归经是指药物对机体某部位(脏腑、经络)的选择性作用。金元时期归经学说逐渐确立。成为药性理论的一个重要组成部分。张元素认为取各药药性之长使其各归其经，则力专效宏，若不明归经，无的放矢则很难中病逐邪。他综合分析了气味对脏腑经络的作用，总结出归经规律，“凡药之五味，随五脏所入而为补泻，亦不过因其性而调之。”同一泻火药，黄连则泄心火，黄芩则泻肺火，白芍则泻肝火，知母则泻肾火，木通则泻小肠火，黄芩又泻大肠火，石膏则泻胃火。他还指出药物由于炮制方法不同，其归经亦会随之发生变化，主治的疾病亦相应不同。不仅如此，张元素还认为制方必须引经报使，才能更好地发挥效用，有些药物不仅本身作用于某经，且配入方中尚能引导全方其它药进入该经。这类药物就是引经报使药。
2、升降浮沉学说的形成：升降浮沉是指药物作用的趋向而言，也是药性理论的重要组成部分。张元素秉承《内经》理论，以药物的气味阴阳薄厚来阐述升降浮沉，他认为药物之所以具有升降之性，乃是由其气味厚薄参合而成，他还举出茯苓、麻黄为例说明气薄者未必尽升，味薄者未必尽降。他还精心制定出了风升生、热浮长、湿化成、燥降收、寒沉藏的“药类法家”，他注意到药物的升降浮沉与其质地和种类有关，并可随炮制或配伍改变趋向以适应临床复杂的病证。
李杲进一步认为药物升降浮沉之性与四时节气的更迭是相对的。并总结出凡气味辛甘温热之药及味之薄者性主升浮，气味酸苦咸寒及淡味渗泄之品主沉降。他还提出用炮制方法改变药物的升降趋势。升降浮沉理论用以概括药物作用于人体的趋向。对发展药性理论，指导临床应用起到重要作用。
(二)本草著作概况
1、综合性本草著作：金元时期，综合性本草著作的编纂进入了历史上的一个低谷时期。元代至元二十一年(1284)，元世祖命撒里蛮、许国帧召集各路医学教授增修本草著作，撰成后命名为《至元增修本草》。已亡佚。
元代崇尚医学，设立医官，常以《内经》、《本草》、《伤寒》等书为题考核医官。御诊太医尚从善有鉴于此，于至顺二年(1331)撰成《本草元命苞》9卷，以便于应付考核及临床实用。该书主要节自《证类本草》，分别对药物君臣佐使、性味、功效、主治、产地、采收、形态等加以记载，是现存唯一的元代综合性本草著作。
2、医疗本草著作：元代从开国初起，即已十分注重宫廷的饮食卫生措施，忽思慧约于天祐至天历(1314～1329)年间担任御膳太医之职，因而有机会接触从元世祖登位以来60多年积累的经验。他整理成书，名为《饮膳正要》，继承了我国古代食品、养生和医疗结合的传统，所载每一种食品基本上都是保健食品。该书还反映了当时北方少数民族药物学的成就及中外医药交流的史实，如卷18“搠罗脱因”条注，“系畏兀儿茶饭”，“畏兀儿”为今新缰少数民族维吾尔族的旧称。同卷“儿不汤”条注，“系西天茶饭名”。“西天”指天竺，即今印度。大量诸如此奖的记载跳出了以往以汉民族为中心的传统食疗圈子的局限，为我国食疗养生学掀开了新的一页。该书还增加了一些前人本草著作所未载的内容、有西瓜、回回豆、海红(沙果)、天鹅、黄羊、麅子等10余种新增加的药物。对本草著作已载的药物，该书也在功能主治方面予以补充。特别是对药物的特殊疗效更有明确记载，尤其突出的是对羊品药物的应用。
元天历年间（1328～1330)，海宁(今浙江海宁县)医学教授吴瑞集50多种前人记载，将各种食物对人体的影响都一一作了说明。撰成《日用本草》8卷，分为米、壳、菜、果、禽、兽、鱼、虫八门，目的是想从日常食物中寻求防治疾病的方法。所收切于药用的食品共540种，也是食疗的一部重要著作。
元代李鹏飞《三元参赞延寿书》卷3为食疗专论“饮食有度”，专谈饮食宜忌。摘取历代有关资料，分成五味、食物两部分阐述食疗注意事项。《养生之要》为元代汪汝懋《山居四要》之卷2，汇集前人食疗等方面经验。对饮食宜忌、服药忌食、解饮食毒等内容作了论述。
3、其它本草著作：严格说来，《汤液本草》亦应属于综合性本草著作，但它不同于以住的类似著作，而是医药紧密结合，上阐经典奥旨，下集诸家之论及个人见解，偏重于药性理论阐扬和药物论述与临床实践相统一。在气味阴阳、五脏苦欲补泻、药类法家及归经理论等方面作了阐发和充实发挥。
朱丹溪有《本草衍义补遗》一书，是针对宋代寇宗奭《本草衍义》的发挥，载药153种，皆根据个人临床心得体会进行的总结；该书还介绍了某些药物的使用要点与宜忌，尤其反对服食金石药。这些实践经验的直接总结是极其珍贵的。
元代瑞州(今江西省高安县)医学教授胡仕可选出若干常用药物按韵语编类歌括，元贞元年(1295)成《本草歌括》8卷，每药附七言歌括一首，简述药物功能主治。
同药物学类似，辽夏金元时期的方剂学也明显萎缩了。
宋时已设立御药院，《政和本草》中已引用“《御药院方》”，元代承袭宋制，亦设立御药院，掌握由各地进贡和外藩馈送珍奇药品，修造汤药。现存《彻药院方)系宋金元三朝御药院所制之成方配本，大多是搜集金元及宋的宫廷秘方，多为配制丸、散、膏、丹之类成药的医方，不少方剂为一般方书未见者，是名符其实的宫廷秘方。
《瑞竹堂经验方》为元代萨得弥实（一作沙图穆苏）撰。原书15卷，按疾病分为15门。
元代李仲南汇集古人医书，于至顺二年(1331)撰成《永类钤方》22卷，该书以医经为本，详列外感内伤诸病，尤重骨伤科，在体例上以脉、病、因、证、治为“五事’，钤而为图，贯穿彼此，互为发明，使人一目了然。
与李仲南不同，危亦林是医学世家，他积祖传五世分科习业的经验，撰成《世医得效方》19卷。在该书中毫无保留地公开了大量秘方，是难能可贵的。除搜集古方和整理家传方外，危亦林还注意博采民间验方，在该书中记载了很多劳动人民发明的简便易行的单验方。全书共载各种方剂3000余首，可说是现存元代方书中的巨著了。
元末出现了一部特殊的医方集《回回药方》。该书是一部中外医学交流的产物，是一部回回医学传人后在蒙古和元代百余年同汉族医学、蒙医学、维吾尔医学逐渐汇合而有明显的阿拉伯医学特点的医学著作，因元代大都(北京)和上都(多伦)设有两边回回药物院，或许《回回药方》为该机构的处方集，尚须新的史料证明。《回回药方》中大量阿拉伯药物，也有象牡丹皮、巴豆、当归、细辛、知母等中国特产药物，还有一些由阿拉伯经中南亚、欧洲、非洲传入，早已被中医习用的中药，如无花果、石榴、安息香、乳香、没药等，书中残存医方涉及内、外、妇、儿等科，还有制药技术的记载，其中对骨科的记载尤为突出。金元时期的方书还有金代赵大中编辑的《风科集验方》共28卷，载方632首，后经赵素增订，增至1900余方，成为风科最完备的著作。此外有释继洪的《岭南卫生方》和《澹寮集验秘方》，分别为论述山岚瘴气治法及生平历效方剂。还有艾元英《如宜方》、王东野《集验方》、元好问《集验方》、孙允贤《类证南北经验医方十戒》等等。