(一)宫廷的医事制度与医政设施
1、医疗机构辽采取“官分南北”二元制度。北面官：设太医局，由局使，副局使及都林牙(林牙意为翰林学士)总领医政事务。南面官：设翰林院，有提举翰林医官、翰林医官，掌供奉医药及承诏治辽众疾。医官的编制及品佚空载不详。
金代设置太医院，属宣徽院。太医院的名称始于金代。置提点、院使、副使、判官，掌管医药，领导太医院工作。又设管勾、正奉上太医、副奉上太医、长行太医寺职，还设有太医教官。太医的品秩凡25阶。
王室的医官：太后两宫，设有医令、医丞，皇后位下设有掌馔、奉馔各1员，掌饮食汤药酒醴蔬果事宜。医官由尚药局、太医院太医兼任，东宫太子位下设有侍药、奉药，承奉医药。宫人女官设司药、典药、掌药、女史各2人，掌医药。
元代太医院为独立的最高医事机构，秩正二品，掌宫中医药事宜，领导所属医职，其职额，自中统元年(1260)以来，屡经变更，至治二年(1322)乃定置院使12员、同知2员、俭院2人、同俭2员、院判2员、经历2员、都事2员、照磨兼承发架阁库1员，又有令史8员，译史2员，知印2员，通事2员、宣使7员。至元二十年(1283)太医院改为尚医监(正四品)，二十二年(1285)复为太医院。
典医监，隶詹事院。领导东宫大医，配制供进太子的药物，至元十九年(1282)置典医署(正五品)。天历二丰(1329)，仍改为典医监(正三品)，设达鲁花赤2员，卿3员、太监2员、亟2员、经历、知事各1员、吏属凡18员。下属机关设有广济提举局、行典药局和典药局。
此外，在一些中央机关也设有医官，掌管本单位的医疗保健工作，如中书省设有省医3人，枢密院议院医2人，御史台置台医2人，江南诸道行御史台也置台医，大宗正府置医人1人。
2、药政机构，辽北面官。著账户司所隶属的承应小底局，设汤药小底，供奉皇室用药事宜。南面官，内侍省设汤药局，置都提点，勾当汤药等职。
金代药政机构置尚药局和御药院，均隶日于宣徽院。尚药局，掌宫中汤药茶果事宜，按其职能并非药事专门机构。设置提点、局使、副使、直长、都监、果子部监、同监等职。
御药院，掌进御汤药，明昌五年(1194)置，设提点、直长，以亲信内诗人充任，又有都监、同监等职。
元代药政机构置御药院，至元六年(1269)设立，掌管各路及藩国进贡药品、药物的制剂和煮药。医官置有达鲁花赤1员、大使2员、副使3员、直长1员、都监2员。
行典药局和典药同为詹事院典医监所属，两局都是管理东宫太子的药物机构，前者掌供奉，后者掌制剂。
此外，至大元年(1308)设立御香局，掌调制御用各种香药。
元代统治阶级所用的药物由各地乡贡，每年依照产地科收。
(二)地方的医事制度与医政设施
1、医政管理机构
辽金史籍缺乏地方医事组织的记载。元代在河南、江浙、江西、湖广、陕西五行省及一些路于至元二十五年(1288)设医官提举司，五行省及路大者置提举、同提举、副提举各1员。路小者置提举，副提举或提学，掌管医户差役诉讼等事务，其余各省置太医散官，凡15阶。
2、药政设施
元代至元十年(1274)设立御药局掌管大都(北京)和上都(多伦)的行医药物。置达鲁花赤、局使、副使，大德九年(1305)御药局只掌管上都药仓事宜。行箧药物由御药局分设的行御药局掌管、置达鲁花赤、大使、副使等职。
(三)医疗机构与赈济设施
1、各类医疗机构
金代在一些路、州设有医疗机构，置医正、医工，显然是为地方官员所设。
广惠司和回回药物院是采用阿拉伯医学的医疗机构。至元七年(1270)设立广惠司，隶太医院，聘用阿拉伯医生，专管加工炮制御用回回药物和调剂治疗各宿卫士以及居住大都的贫孤。设提举工员等，其职官名额屡经变更，后定为11人。至元二十九年(1292)又在大都和上都各设立一回回药物院，掌回回药事。至治二年(1322)拨隶广惠司。定置达鲁花赤10员、大使2员，副使1员。
2、赈济组织
金代仿照宋制设惠民局，属礼部，掌制剂发卖汤药，施医药于平民。各地寺庙也设有药局，施医给药，救济贫病百姓。元代的贫民医疗机构，设有广济提举司和惠民局。广济提举司，隶詹事院典医监，掌药物制剂，施给贫病民众。置达鲁花赤1员，提举、同提举、副提举各1员。
元世祖中统二年(1261)设置惠民局于大都，中统四年(1268)在上都设立了惠民司。后来各路也设有惠民局，为贫民免费医病给药，经费依民户多寡分为等级拨结。以上措施，由于吏治腐败或多名存实亡。
(一)中央的医学教育机构与制度
1、医学教育机构 金化太医院为医学教育机构。元代太医院不再具有医学教学职能，只具有医学管理及规章制度之颁发等，元代中央医学教育机构，史未见载，似无此设置。
2、医学分科 金代医学分10科，详细情况无可稽考。元代医学分为13科：大方脉、杂医科、小方脉科、风科、产科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮种科、针灸科、祝由科、禁科。
3、考核奖惩制度 金代医学生，每月考试一次，依成绩优劣给予奖惩，甚至于开除学籍。太医考试三年一次，医学生学习成绩优良者，经考查也可替补，民间良医听其试补。
元代对医学生及教学人员的考查、考核，则由医学提举司每年拟定13科疑难题目，呈报太医院转发各路医学教授，令医学生依式每月学习医义一通，年终时造册呈报医学提举司，以考查医学生学习成绩。此外，本医学的教授就所下发的题目解答3道，年终时另行造册，呈报太医院，以考核其是否称职。
(二)地方医学教育机构
1、行政管理机构，元至元九年(1272)设立医学提举司，专门负责管理医学教育，其职能是考查各路医学生的课业学习成绩、考核太医教官教学效果、校勘名医撰述文字、辨认药材、教导太医于弟、领导各处医学，设置提举1员、副提举1员，医学提举司的设立，显示了元代统治者重视医学教育，也反映了医学教育管理制度日臻完善。
2、地方医学校，金代在各州、府设有医学校，医学生员额较少，如大兴府30人，其余京府20人，散府节镇16人，防御州10人。
元世祖忽必烈嗣立不久，即在中统三年(1262)重建久已废弛的各路医学教育，各路医学设教授1员，由朝廷委任，学录、学正各1员。上、中、下州备设学正1员，由太医院委任。各县设学谕1员，由各路医学教授选聘，各科医学生公共课程有《素问》、《难经》、《神农本草经》。又按不同专业学习《圣济总录》中的不同卷数，并加习《伤寒论》及《千金翼方》，大德九年（1305)规定学医必须精通四书。凡不精熟本科经书者，不得行医，并将程试定为考试制度。