一、《内经》研究
金元诸医家主要采取两类方法研究《内经》。一是抽取其中部分理论作专题研究，二是依据《内经》某一基本观点，结合实际进行发挥，形成一种系统的创新理论。第一类著作主要有刘完素的《内经运气要旨论》(佚)，《素问玄机原病式》，佚名《运气图解》(佚)，邓炎《运气新书》(佚)，曹大本《运气考定》(佚)，吕复《运气图说》(佚)等，这一类著作主要吸取《素问》“七篇大论”中运气学说，结合疾病发生、发展机理予以阐发，惜多数亡佚。其中最有成就的为刘完素，他认为“不知运气而求医无失者鲜矣”，故他以《素问》“五运六气”理论及病机学说为基础，通过比物立象、推演归纳，建立了一套认识疾病证候特性的分类模式：五运主病，六气主病，并从“火热论”角度予以系统阐发，这一专题研究成就，不单使运气学说本身得到了发展，而且促使了中医各类理论问题的深化研究。
此后，诸医家多本着不拘泥一词一句的注释，而求古人意理所在，联系实际予以发挥的态度对待《内经》，建立了一系列各具特色的理论学产。重视临床实际研究，应用《内经》已在金元时期成为一种崇尚的医风。刘完素的《素问宣明论方》是这样，张元素的《素问病机气宜保命集》也是如此。
除上述医家及有关著作外，金元时期还有不少《内经》研究专著。如刘完素的《图解素问要旨论》（八卷），《素问要注》(佚)，元代薛时平的《新刊注释素问玄机原病式》，李季安的《内经旨(指)要》(佚)等。现存比较有成就的注释整理《内经》的著作为滑寿《读素问钞》(九卷)及《补遗》(一卷)，受到后代医家的重视。
二、《难经》研究
这一时期《难经》研究取得了一定成就。金代医家纪天锡，精加访求十余年写成该书，其后不久，著名医家吕复时该书力辨前人之非，注解谨密的特色给予了较高评价，张元素也曾撰有《洁古注难经》一书(又称《药注难经》)。该书的特点是阐发《难经》奥理，复随其疾证附以禁忌方论述经解。惜流传至元末，便失传了。李駉(子野)《黄帝八十一难经纂图句解》七卷。李氏深感世人对《难经》理解不深，遂“随句笺解”，以宋时流传的前代吕广等十先生补注之说为宗，言言有训、字字有训，撰成该书。
这一时期《难经》研究成就最大的是滑寿的《难经本义》(1366)。他追本溯源，考之《灵枢》、《素问》，又及仲景、叔和，以绎其绪，凡诸说善者，均予吸收，并详细阐发前人未明之旨。该书首列诸图，后疏本义，辨疑正误，使全书辞达理明，条分缕解。所以该书诞生后，为后世众多医家所重视，成为元代以前《难经》研究方面最重要的一部著作。其他《难经》研究著作还有陈瑞孙《难经辨疑》；王少卿《难经重玄》；袁坤厚《难经本旨》；谢绍孙《难经说》；李駉的《难经注解》(四卷)等，后均亡佚。
三、《伤寒》的研究
这一时期的《伤寒论》研究与两宋时期相比要薄弱一些，但也不乏有影响的著作，如在后世《伤寒论》研究中流行最广的成无已《注解伤寒沦》便出现于这一时期。
金元时期，医学界的学术空气比较活跃，出现了不少新的学术见解，形成不同的学术流派，在《伤寒论》研究中也反应了这种倾向，例如宋云公的《伤寒类证》将仲景397法，分证50门，派生出484法，列表倍分述。吴恕的《伤寒图歌活人指掌》针对《伤寒论》，《南阳活人书》增辑若干图表编纂而成，都是着重于论述伤寒诸证的。王好古的《阴证略例》则提出伤寒阴证的新见解。而马宗素《伤寒医鉴》，镏洪《伤寒心要》以及旧题刘完素撰的《伤寒直格》均以“伤寒”题名，也言六经，也谈仲景方，实际上却是论述温热病为主。此外，杜本《敖氏伤寒金镜录》专论舌象，并附有简图对后世的影响也比较大。
(一)成无己首注《伤寒论》：
成无己的代表作是《注解伤寒论》，他是全面逐条注解《伤审论》第一家。此书一出，流传甚广，超过了《伤寒论》的任何一个其他版本，因而影响也很大。成氏的注解有两个特点，其一是以“经”释“经”，即引用《内经》、《难经》的原文来解释《伤寒论》的医理，追溯其学术源流。由于中国古代具有崇古尊经的传统，因而以“经”释“经”的方法是相当具有说服力的，成氏这一注释法很受后世注律《伤寒论》者仿效。
其二，成氏的注解着重于时病因病机及组方意义的发挥，它的注解中几乎为伤寒各证每一症状都注明病机，每一方剂都说明方义。成氏的这种注解方法条理比较清晰、说理比较明了，使读者易于理解，使用者便于化裁。因此为后世医家广泛效用，已远不限于《伤寒论》的注解。
成无己的另一部著作是《伤寒明理论》。此乃成氏在注解之余发挥本人对《伤寒论》的理解。前三卷对《伤寒论》条文进行横向联系，提出发热、恶寒等五十个伤寒病中的常见症状，对每一症都进行阴阳表里寒热虚实的分析，实际上是伤寒有关症状的鉴别诊断。卷四为“伤寒方论”，成氏从113方中精选出20首，阐发其配伍关系及方药效用，大多是他的经验之谈，颇值一读。
(二)王好古对伤寒阴证学说的发挥：
自宋以降，各家研究《伤寒论》往往详于三阳证而疏于三阴证。王好古曾与李东垣同学于张洁古门下，在张氏重视脏腑虚损的启示下，又受到李氏脾胃气虚理论的影响，尽十余年的心力钻研《内经》，《伤寒论》的阴阳脉例，并广泛参照王叔和、朱肱、许叔微、韩祗和等有关阴证阴脉的阐述，提出了一系列对于伤寒阴证的新见解。
他首先指出，伤寒是人之大疾，病情最急，而阴证尤为严重。因为阴证准辨而难治，鉴于阴证之难辨，王氏分析了阴证的各种变证和假象，阐明病机及鉴别要点。他指出如阴证表现为一身阳气内消、身表凉、四肢冷、脉沉细则易辨认，若表现为阳从外泄，身表热，四肢温、头重不欲举，脉浮弦，按之全无力，此类阴证则容易误诊，若用解表发汗之法，会使三焦气绝造成危证，辨证时，李氏非常强调以诊脉为鉴别标准，鉴于阴证之难治，王氏提出“三阴可补”之法，主张“药当从温”，尤其强调了温肾助阳的重要。
在众多《伤寒论》研究著作中，《阴证略例》从阴证入手，打破了治外感与治内伤的界限，用六经辨证的原则把伤寒与杂病的治疗联系起来，可谓是独树一帜。虽说其本身在温阳与养阴的问题上存在一定偏面性，但作为对《伤寒论》一个方面的探讨，显然不可能求全责备。王氏对伤寒阴证的发挥对后世更加全面地理解《伤寒论》很有补裨。
四、诊断学研究
金元时期诊断学研究成就突出地反映在脉学和舌诊上。有些见于有关专著中，有些散在于一些综合性著作里：
(一)脉学：
这一时期最突出的脉学专著为滑寿的《诊家枢要》(1341)，该书集元以前诸家脉学理论为一体，结合个人认识，详述脉诊体系及辨脉法，共论及浮、沉、迟、数等29种脉象及主病。并阐析了妇人、小儿脉法，内容丰富，尤其在小儿诊察指纹方面，认识较前人又更进了一步。
张元素的《洁古注脉诀》也是一部内容丰富的脉学专著。该书收有张元素、张壁父子的脉学认识。其特点是详论脉理，随脉辨证，随证附方，兼集诸家之善，适于临床依脉辨证施治。惜流传到元代，只存提名张壁的二部节本著作。其他脉学著作还有张壁《脉谈》，李杲的《脉理玄微》(疑托名李杲）、佚名《东垣脉诀》(1251年)，托名朱丹溪的《脉决指事病式图说(又有称为李杲作)，姚宜仲的《诊脉指要》(佚)，鼓起宗撰、明代汪机补订的《脉诀刊误集解》以及已佚的吕复《脉系图》等著作。
(二)舌诊：
这一时期舌诊取得了突出成就，出现了我国现存最早的验舌专著《敖氏伤寒金镜录》(1341年)。该书原书名《金镜录》，内载辨别伤寒舌法十二首，附舌象图十二幅，惜后渐失传，1341年，杜本在上书基础上，增补24幅舌象图，共计36幅舌图，并载方治于图下。其中24幅专论舌苔，4幅专论舌质，8福兼论舌苔与舌质。舌色有淡红、红、青三种，苔色有白、黄、灰、黑四种，舌面有红刺裂纹等变化，舌质变化有平滑涩刺等，基本包括各种主要病理现象。各图下附文字说明，并结合脉象，分辨寒热虚实、内伤外感，论述证治方药及病证发展、预后。
另外，其他著作也有不少有价值的记述，如成无己的《伤寒明理论》辟“舌上苔”篇，对有关伤寒病舌象作了专门论述，内容丰富。李杲的《脾胃论》分析了舌干的各种证候，丰富了察舌辨证的诊断理论。