古人早已养成良好的洗浴习惯。至元代，人们不仅懂得温浴的卫生价值，而且懂得冷浴对健康的意义。《马可波罗游记》第76章则载杭州“一些街道有冷浴澡堂，由男女服务员为您服务，这些澡堂的男女顾客从小时候起。就习惯于一年四季洗冷水浴，认为这对身体健康大有裨益。”冷水浴对增加肌体抵抗力是有益的。
环境卫生方面，元代继承前代的优良传统，仍然重视河水的保护，曾定期疏浚河道，元代使用痰盂的范围较汉代专供皇帝有所扩大，这对于防止病菌传播是有意义的。
这一时期，统治者提倡佛教，尤其是信奉喇嘛教和禅宗。民间也有不少佛教信徒，他们死后都实行火葬。据考古发现，沈阳、山西大同、北京等地都有辽金元火葬墓。据《马可波罗游记》记载，北京、契丹省南部哈寒府、景州、西州、宝应州、襄阳、常州、太平府、泉州等地居民，死后多实行火葬。
《马可波罗游记》还记载：“在皇帝陛下左右伺候和办理饮食的许多人，都必须用美丽的面纱或绸巾，遮住鼻子和嘴，防止他们呼出的气息，触及食物，”这种用来遮住口鼻以防传染的面纱或绸巾，实际上起到现代口罩的作用，可视为口罩的滥觞。
金元时期，李东垣、宋丹溪、忽思慧等医学家对饮食卫生提出许多新的见解。忽思慧撰写的《饮膳正要》是我国现存的第一部营养学专著。本书以正常人的膳食为标准，制定了具有营养学价值的食谱，书中强调饮食在保健延寿中的价值，认为“饮食为养生之首务”，并列出饮膳的制作方法和滋补药的形态、性味、功效以及饮食禁忌等等。另一部营养学专著是元末贾铭的《饮食须知》。书中选取食物250余种，简述其性陈宜忌，也有一定的参考价值。
关于房室卫生，元代李鹏飞将前人关于性卫生的论述加以收集、整理，撰成《三元延寿参赞书》。提出一系列顿有见地的主张。李氏认为男女相需合乎自然之道，提出“欲不可绝”。同时，又总结出节欲三论：辨证地提出性生活的适度、节制，于人体有着重要的养生意义。
气功养生方面，金元时期出现了以王重阳为始祖的道教北宗炼养派。他们主张性命双修，先性后命，这一道派，又称全真道或全真教，王重阳把断绝“酒色财气，攀缘爱念，忧愁思虑”作为修道的根本法则，这种“清修”思想，对后世道教养生者有一定影响。