一、关于中医基础理论的论争
近代中国医学史的核心问题是中西医的比较与抉择。西方医学的大规模传入，造成了国内中医、西医两种异质医学体系并存的局面。因而，通过比较并作出抉择便成为中国医学界必须面对的重要问题。围绕这一问题，医学界人土提出了多种观点，表现出多种态度。中西医之间出现正面的论争，是民国建立以后的事情。1916年余岩刊布《灵素商兑》，率先向中医基础理论宣战。论争涉及阴阳、五行、运气等内容。其后20年间，中西医日趋对立，论争日益激烈，卷入者也越来越多。1922年恽铁樵著《群经见智录》，正面回应余岩的挑战。其间中西医界都发表了各自的看法，中医界以陆渊雷、吴汉仙、陆士谔等人的言论较有代表性，而西医界人士多是应和余氏的主张。1988年，杨则民著《内经之哲学的检讨》，从前所未有的理论高度研究《内经》，同时也是批驳余氏废止中医观点的力作。
恽铁樵与《群经见智录》
余云岫早年留学日本，受明治维新时废止日本汉医思潮影响，于1916年发表《灵素商兑》，否定《内经》，诋毁中医理论。恽铁樵于1922年著《群经见智录》，次年著《伤寒论研究》，是中医界第一个挺身而出应余云岫挑战者。《群经见智录》是恽氏学术思想的奠基之作，他在该书中提出的关于《内经》基本理论的创见，对构成中医学基础的阴阳五行，六气等作出较令人信服的解释，具有较高的水平。
恽氏提出，《易》和《内经》都依四时立论。在此基础上，恽氏指出，“五行为四时之代名词”，“《内经》言五行配以五藏，其来源本于天之四时（YunTieqiao. Study in Five Elements. In: Intelligence shownin classical medical Books. Wejin: Yun’s PublishingHouse,1922,21.恽铁樵：群经见智录，五行之研究第八。武进恽氏铅本，1922：21）”。因而提出中医学的五脏乃“四时之五脏”的命题，揭示了中医基础理论的奥秘所在。
杨则民与《内经之哲学的检讨》
杨则民(1893—1948)，字潜庵，“乃承恽氏之余绪”，而另辟途径，主张吾人欲讨论《内经》之真价，宜以哲学的眼光衡量之，不当以自然科学之见解批评之。”他一针见血地指出：“然则《内经》之思想方法果何如乎？吾敢毅然断之曰：辩证法也（YangZhemin. Study on philosophy in Internal Classic.Edilorial Department of Chinese Medical Association.1984.杨则民：内径之哲学的检讨，中华全国中医学会编辑铅印本，1984：）。”
其它中医名家与余氏的论争
如陆渊雷于1928年发表“改造中医之商榷’等文，参与论争。吴汉仙、陆士谔均与余云岫展开针锋相对的论争二、关于阴阳、五行、运气存废的论争1900年前后学术界已出现否定五行说的思潮，在当时学术界影响较大的学者如严复、梁启超都有这方面言论。梁启超1923年5月在《东方杂志》上发表“阴阳五行说之来历”，其文开篇便说：“阴阳五行说为二千年来迷信之大本营，直至今日在社会上犹有莫大势力。今当辞而辟之”。1926年，章氏太炎在《医界春秋》上发表“论五脏附五行无定说”，从而掀起一次讨论五行存废的高潮。章氏主张废弃五行说，由于他与中医界保持相当密切关系，在中医界影响较大。民国建元到抗战爆发之间的20余年间，关于五行、阴阳及运气说的存废之争不断。江苏的袁桂生，1915年将“废五行说”作为一项提案交神州医药总会讨论。他主张废去五行但不主张废阴阳。陆渊雷、叶古红、秦伯未等医学家，以及新加坡的黎北海先生等都曾对此问题发表不同的见解。由此可见，近代关于阴阳、五行、运气存废的论争，是与当代的时代潮流相关的。
中西医之间由论争发展到激烈对抗，主要是在民国时期，民国元年(1912年)学制改新，北洋政府屏中医于学制之外，由此引发了中医界首次的抗争请愿活动。国民政府奠都南京后，废止中医论者得到当局的支持，废止中医活动愈演愈烈。1928年全日教育会议上，汪企张首次提出废止中医案，未获通过。翌年中央卫生委员会议上，由余云岫提出的废止中医案获得通过，成为民国时期大规模中医抗争运动的导火线。其后为设立中央国医馆，颁布《中医条例》都引起中西医双方激烈的斗争，直至抗战爆发才告一段落。
一、北洋政论时期争取中医教育
合法化的请愿1918年7月，北洋政府举行教育会谈，参照日本学制，制订了《王子癸丑学制》。1912年11月北洋政府教育部颁布了《医学专门学校规程》。1913年1月，北洋政府教育部公布了《大学规程》医学、药学两门，完全没有中医药学方面的规定，这就是民元的所谓教育系统“漏列”中医事件。
首次请愿活动，北洋政府教育部颁布法规后，引起了中医界的警觉，有识之士纷纷谴责。首先提出抗议的是上海神州医药总合会长余伯陶(德埙)等人，该会还联合了其它省市的中医药同业组织“医药救亡请愿团”。至1813年10月已有19个省市的医学团体响应此举，并派代表参加。当时推举的代表晋京请愿。
二、国民政府时期的中医抗争运动
1929年2月23—26日，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议，由卫生部副部长刘瑞恒主持。会上讨论了有关废止中医药的提案共四项，分别是：
1、中字第十四提案：《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》。2、生字第二十二号提案：《统一医士登录方法》。3、生字第三十六号提案，《制定中医登记年限》。4、生字第四十二号提案：《拟请规定限制中医生及中药材之办法案》其中，余云岫提出的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》基本包括了后三项提案的内容。他在提案中提出了彻底消灭中医的具体措施共六条。会上还议决将上述四项提案合并为《规定旧医登记案原则》，委托卫生部施行：
甲．旧医登记限至民国19年(1930年)底止。
乙．禁止旧学校。
丙．其余如取缔新闻杂志等非科学之宣传品及登记介绍旧医等事由，卫生部尽力相机进行。
这就是中医近代史上著名的“废止中医案”。
全国中医药界联合请愿，1929年2月26日，上海《新闻报》首先披露此事。消息传出，全国为之震动。上海市中医协会首先发起召开上海市医药团体联席会议，邀集神州医药总会、中华医药联合会、上海中国医学院、医界春秋社等40余个中医药团体的代表商讨对策(PetitionReport of National Medical and PharmaceuticalOrganizations Chronicle of Medical Field,1929,34:48.全国医药团体请愿报告,医界春秋，1929，(34)：48)。会上讨论决定，组织上海医药团体联合会以便采取统一行动，议决筹备召开全国医药团体代表大会，定会期为3月17日。1923年8月17日，全国医药团体代表大会假上海商会会场举行开幕式。
为了表示对大会的支持和拥护，上海中医、中药界分别停业半天，药店门前张贴许多醒目的标语，如“拥护中医药就是保持我国的国粹”、“取缔中医药就是致病民的死命”、“反对卫生部取缔中医的决议案’等等。会场上悬挂着巨幅对联“提倡中医以防文化侵略”、“提倡中药以防经济侵略”。出席大会的有江苏、浙江、安徽、江西、福建、广东、广西、湖南、湖北、四川、河南、河北、山东、山西等15省132个团体的代表共262人。大会还推举陆仲安、随翰英、蔡济平、张梅庵等为主席团成员。请愿问题，议决由执行委员会负责办理。推选谢利恒、随翰英、蒋文芳、陈存仁、张梅庵组成晋京请愿团，张赞臣、岑志良为随行秘书。分别向国民党第三次全国代表大会、国民政府、行政院、立法院、卫生部、教育部等单位请愿，要求撤销废止中医提案。由于全国中医界的据理力争，迫使南京政府在强大的社会舆论面前作出让步，不得不将废止中医案搁置起来。
然而这没能使南京政府歧视和排挤中医政策性根本变化。1929年12月1日，全国医药团体总联合会第一次临时代表大会如期在上海举行。出席者有17行省及香港、菲律宾等地区233个团体，457位代表会议历时五天，群情激愤，提案有百余项；经大会讨论议决组织请愿团(Recordsof First Provisional National Congress and Petition. In:Compilation of Business Record of national.1931.45～56.全国医药团体总联合会会务汇编，第一次临时代表大会及请愿情形,该会铅印，1931：45～56)。
12月7日，请愿团启程入京请愿，请求撤销阻碍中医药发展的各项政令。全国医药总合于1929年12月领导组织的第二次大规模请愿争取到蒋氏手谕后，各地中医药同业欢欣万分。
三、中央国医馆的成立
中医药界仍未摆脱危机四伏的险境。全国医药总合执委裘吉生、蒋文芳、蔡济平等虑及此情，忧心如焚，认为症结在于当局者对中国医药学内容不甚明了，遂决定具文呈请国府仿国术馆设国医馆。经过多方努力，中央国医馆部冲破重重阻力，终于1931年3月17日宣告成立。国医馆理事会召开全体大会，推选陈立夫为理事长，推举焦易堂为馆长，陈郁、施今墨为副馆长。后陈立夫以政务繁忙迭请辞职，7月21日常务理事会议决定准其所请，由彭养光代理理事长之职。该馆成立之初，即延聘施今墨等学术整理委员，其任务是负责起草、制定中医药学校整理工作计划及中医药学术标准等。
四、中医药抗争运动的历史意义
中医药的抗争运动对近代中国医药界的盲目西化思潮起到了批判作用。从这一点来讲，近代中医抗争运动具有弘扬中国传统文化的重要意义。应当首先认识到，近代中国吸收西方文化完全是被迫的，是与近代中国的严重的民族危机联系在一起的，其前提是帝国主义把持着中国的命脉。民族虚无主义思潮的泛滥也是对这种历史环境的一种反应。文化运动中，更有人提出要“剿灭”中国文化，废除汉文，对中国传统文化全盘否定，便是这种反应的显例。中医药学是中国传统文化的一个重要组成部分。因而，中医药界兴起的旨在保存中医药学，反对废止的抗争运动，无疑具有反对民族虚无主义的意义，并对纠正全盘否定中国传统文化的错误倾向起了一定的积极作用，同时，也有效地抵制了帝国主义的医药文化侵略。
近代中医药抗争运动从爆发时起，便己超出了医学学术的范围。近代中国，帝国主义列强通过借款给中国政府并在中国开设银行，垄断了中的金融和财政。因此，他们不但在商品竞争方面压倒了中国的民族资本主义，而且在金融财政上扼住了中国的咽喉。北洋政府和南京政府都在实质上成为帝国主义国家在中国的代言人。他们也在制定法令、政策时看主子的脸色行事。提倡中医药学显然不利于各帝国主义国家的医药产品垄断国市场，因而帝国主义国家都拼命扩大各自的势力范围，通过开办医校、医院实施经济和文化侵略。近代中国的中医药从业人员数以十万计，遍及全国各地。中药材和成药的销售额，每年数以亿元计，在经济生活中占有重要地位。中医若废，全国中医药从业人员包括中医师、药商、药工、药农便失去生计，政府也失去大笔利税收入。同时，由于国产西药无法满足需要，只能大量依赖进口，增加贸易逆差，给中国经济带来沉重的负担。中医药界有识之士对此有着清醒的认识，早在1929年即提出“提倡中药以防经济侵略”，所以说，近代中医药抗争运动具有抵御列强对中国经济、文化侵略的深远意义。
综上所述，近代中医抗争运动，无论从保存中国传统文化遗产，反对民族虚无主义方面而言，抑或从抵制帝国主义经济、文化侵略方面而言，都具有非常重要的意义。由此可见，中医药学能在近代中国得以生存发展，正是这场历时数十年的抗争运动努力的结果。
一、中医革新思想萌芽
在医学领域形成中西医两种医学体系并存的格局，“医学改良”遂成为当时中国医界最盛行的一种思潮。1904年，周雪樵在上海发起创立医学研究会，并创办《医学报》，旗帜鲜明地主张中国医学改良。陈莲舫、余伯陶等，组织上海医会，主张中医自身整顿以抵制西医侵夺之势。1908年，绍兴中医药界通过组织学会，发行刊物，积极致力于中医学的改良和革新。这几个社团均把改良中国医学作为宗旨。
二、中医学术革新潮流
恽铁樵的改进中医主张
恽氏强调指出，要以中医为主体，吸取科学方法加以整理改进。中、西医学的文化基础不同，体系不同。“西方科学不是学术唯一之途径，东方医学自有立脚点(YunTieqiao. Discussion on Suggestion to Names of Diseases,In: Collection of Yaoyan MedicalBooks.恽铁樵：药庵医学丛书。对于统一病名建议书之商榷)”。他强调中医学的主体地位，使其改进中医学的主张避免了废医存药的偏颇取向，他提出的改进中医主张，具有方法论的意义，对中医学的发展有重要的启迪作用。
祝味菊论改进中医的程序
第一、二步就是吸取西医生理、解剖及病理等学科之所长，以补中医之不足。药物学方面，祝氏认为既应参考古法，又当采取西医的研究方法使之更臻完备。以上三步完成后，逐步推及方剂学、诊断及治疗学，是为改进中医的第四步(ZhuWeiju. Discussion on Procedure to Improve TCM. ShenzhouJournal of Medicine and Meteria Medica,1924.2(4):8.祝味菊：改进中医程序之商榷，神州医药学报，1924，2(4)：8．)。
三、中医科学化运动
“中医科学化”是三十年代初到五十年代初中医界最有影响力的思潮。坚持这一主张并产生广泛影响的医学家有陆渊雷、施今墨、谭次仲、张赞臣、余无言等。陆渊雷倡导“中医科学化”最力。实际上，陆氏的科学化思想导源于恽铁樵的革新中医思想，不同的是，陆氏更明确地提出以西医学作为参照物，他肯定了中药疗效，主张用科学方法研究中医。陆渊雷从改革中医以谋自存的本身出发，由于他以西医学作为价值和真理的评判标准，最后落入否定中医理论的陷阱，其心路历程颇为值得玩味。施今墨早在三十年代就倡导中、西医要互相学习，融汇贯通。他认为中医要革新，不能固步自封：“中医改进方法，舍借用西学之生理、病理以互相佐证，实无他途(Prefacein Graduation Autograph Album of second Graduating Classin North China College of TCM.华北国医学院第二届毕业纪念刊·序言)”。他主张中医科学化，强调要用科学方法阐明中医理论。在临床诊治时，他多用西医病名，参照西医器械检查的结果。施氏认为中医病名繁杂，不利于中医的标准化和规范化，呼吁中医标准化。
四、中医学术革新运动的历史意义
近代中国医学史的核心问题是中西医的比较与抉择。在为由此引发的生存危机不断进行抗争的同时，中医界内部也围绕这个问题展开了广泛而激烈的论争，从而形成了绵延数十年的中医学术革新运动。中医界围绕中医学术革新问题，提出了形形色色的观点，先后参与论争者逾百家。中医学术革新运动和中医抗争运动相互交织，构成了近代中医史的主要内容。产生中医学术革新运动的根本原因是中国社会和文化的近代化。那个年代，“物尽天择，优胜劣败”这个信条倍受推崇，这是中医学术要求革新的内在压力。最先剖析中医自身缺陷并提出革新主张的就是中医人士，正是这种时事的反应。
清末民初中国医界提出的“改良医学”的口号，可视为中医学变迁的总基调。二十年代后，这个口号先后分化为“中医革新”(以恽铁樵为代表)和“中医科学化”(以陆渊雷为代表)两种影响较大的思潮。三十年代中期后，这两种思潮在革新中医学术的方法和结局方圆的分歧日益扩大。四十年代中期，中医学术革新运动虽现出新的特点。更多的年轻中医的参与，对中西医比较也更为客观平正，视野也较为开阔。
中医学术革新运动是近代中医界对社会和历史环境的变化作出的积极反应。尽管由于种种原因，这个运动未能改变近代中医的境遇，也未能产生具有重大意义的学术成果。但他给中医界带来观念的更新和全局性影响是深刻的。这种致力于发展和完善中医学术的探索，为中医学的发展摄供了方向性依据，因而中医学术革新运动有着很需要积极的历史意义。