近代中医教育的发展大体可以分为三个阶段。
第一阶段晚清时期，从清同治元年（1862年）京师开设同文馆、太医院教习厅复设医学馆，至光绪末年各地出现的中医社团组织，为官办医学教育延续及民办中医教育之兴起。
第二阶段北洋政府时期，从民国二年(1913年)神州医药总会晋京恳请提倡中医中药、准予另设中医医药专门学校，l925年全国教育联合会议决请教育部明定中医课程并列入医学教育规程案，为我国中医界申请办学立案成功开始。
第三阶段民国时期，从1929年至1949年，那是我国中医界在艰难困苦的历程中坚持学校教育、兴办发展学校教育，闯出了一条教育自立的道路，成为中医近代史光辉篇章之一。
近代中医教育，当然还包括传统的以师带徒教育，其与中医院校教育并存互为补充发展，在近代中医教育史上仍占居一定位置。
光绪24年(1898年)期间，设立医学堂，归大学堂兼辖。变法失败，一切“新政”均被推翻，独京师大学堂获得保存，及至光绪28年(1902年)春张百熙拟《钦定京师大学堂章程》，大学专门分科课目中，医术列于第七，下分医学及药学两目。
京师大学堂为适合医学专门教育需要，旋于1903年规画一医学馆。
光绪33年(1907年)将京师医学馆改为京师医学专门学堂，中西学科肄业，各以深造有得，切于实用为宗旨，其应如何补习普通偏设课程，酌定年限，由学部遴员详议。但由于当时我国无论是中医教育或西医教育，都缺乏办学经验，学部无法具体厘定各门科目教学规程，遂将京师医学专门学堂学生全部送日本学习，朝廷官办中医教育至此暂停。
我国近代史上民间最早出现的中医办学机构，是浙江省瑞安县利济医学堂。利济医学堂创建于清光绪十一年(1885年)，主办人陈虬，字志三，号蛰庐，乐清人，1885年集同志建院于浙江温州府瑞安城东，实欲借学堂为造就人材之地(LinQianliang Early Traditional Chinese Medical schools inModern China. Chinese Journal of MedicalHistory,1980,10(2):90.林乾良：我国近代早期的中医学校，中华远史杂志，1980，10(2）：90)。
1912年医学求益社改名医学卫生社，宗旨更加明确；“联络医界团体，振兴医务教育”。(TeachingMaterials of Guangdong Medicine and BeneficenceAssociation Guangzhou Shigi Puhuaiyi Guandong YamianEdition,1914.广州医学求益社卷，广州十七甫怀驿关东雅面印本，1914),1917年该社衍生“广东中医教员养成所”，1918年原求益社同人又创办“广东医学实习馆”，直至1924年，全部归并入广东光汉中医专门学校。由此可见，近代中医院校实际上诞生于中医药社团组织，而中医药社团组织为谋求自身集团利益又必须创办发展自己的教育事业，培养一批能为该集团利益服务的专门人才。
1912年7月10日至8月10日，教育部召开第一届临时教育会议。到会议员80余人。提案92件。同年9月3日教育部正式公布学校系统。其后陆续颁布各科学校令。即《中华民国教育新法令》（ShuXincheng. Introductory Remarks in New Education Decreeof Republic of China. Shangwu PublishingHouse,1923:1.舒新城：中华民国教育新法令·例言，上海商务印书馆，1923：1．）。
《中华民国教育新法令》有关医药教育规程令颁布两次。第一次民国元年（1912年)11月22日部令第25号。《医学专门学校规程令》部令第26号《药学专门学校规程令》，医药两门各课程学科均漏列中医中药。第二次民国二年(1913年)1月，教育部公布大学规程，大学共分文、理、法、商、工、农、医七类，医类又分医学与药学两门，也都没有把中医药科列入以内。因此，北洋时期中医教育的焦点，首先是争取办学立案，将中医教育列入学制系统之内。教育系统漏列中医药案，引发了近代医学史上首次抗争救亡运动。上海神州医药总会余伯陶等人，立即和各地医学团体进行联系，至1913年10月有19个省市医学团体响应。并派代表参加“医药救亡请愿团”推举恽薇荪(北京)、叶晋叔(上海)为代表。此外尚有药业方面，同仁堂、西鹤年堂等参加。代表于1913年11月23日起程赴京请愿。《神州医药总会请愿书》是一份非常珍贵的近代中医教育史资料。现文摘如下：
“为请求建议，呈为恳请提倡中医中药，准予另设中学(注：指中医学)医药专门学校，以重民命而顺舆情事……”“今者民国肇始，力图自强，我国医药人材，方将与世界各国竞胜争雄，教育部太部定章，于医学课程独取西法，不及中学，此虽迫于世界进化之大势，别具苦心，然会员等愚以为医药为卫生强种之要素，与国计民生有绝大关系；速举中医中药切实整顿则可，逐如淘汰则不可……”（MedicalJournal. 1922,(8):81-86.医学杂志，1922，（8）：81～86）。
请愿书全文很长，最后提出八条具体措施，即设立中国医药书编辑社；开设医院；开设中医补习学校；规定诊察手续及立案程式；删补丸散膏丹暨各种药品；设立医药藏书楼、药品陈列所；设药品化验所；编辑医学报等。请愿书结尾曰：“大部为全国教育总司，必能下顺舆情，俯加采择，当无畸轻畸重之虞。所有请求恳请建议提倡中医中药，准予另设专门学校各缘由，除向教育部恳请，议会请求外，理合抄具简章，吴请俯充批示祗遵，不胜迫切待命之至。谨呈。”（MedicalJournal. 1922,(8):81-86.医学杂志，1922，（8）：81～86）。
北洋政府教育部在群众舆论压力下，1914年1月8日函复余德勋(余伯陶)请愿书。该批示认为：“本部对于医学，只期学术完备，求合于世界进化之大势，然后检疫，卫生诸政，冀可推行无碍，并非于中医、西医有所歧祝也。”(ChenBangxian. Chinese Medical History. shanghai: ShanghaiMedical Book store,1929:138.陈邦贤：中国医学史，上海医书局，1929：138)。
继教育部批复之后，北洋政府国务院于1月16日也发下正式复文：“查中国医学，肇自上古，传人代起，统系昭然，在学术固已蔚为专科，即民生亦资具利赖，前此部定医学课程，专取西法，良以歧行不至，疑事无功。先其所急，致难兼采，初非有废弃中医之意也。来呈述理由五端，尚属持之有故，拟办各宰，亦均具有条理，除厘订中医学校课程一节暂从缓议外，其余各节，应准分别筹办。仍仰随时呈明地方行政长官立案，俾资查考以便维持。此批。”（Replyof government Administration Council to sheuzhou GeneralMedical Association. Medical Journal, 1922, (8):89.国务院批答神州医药总会批调，医学杂志，1922，(8)：89）。
教育部和国务院的答复，明确表示并非于中医有所歧视、废弃之意，基本同意了全国医药救亡请愿团要求，准予分别筹办。虽然对中医学校课程要暂缓议定。但原则上已表示准许不加反对。这次请愿的初步胜利，为以后各地中医学校立案成功奠定基础。
民国初年我国中医界争取教育立案，虽然未能达到将中医教育列入教育系统之目的，但它迫使北洋政府当局公开肯定中医中药的重要作用，答应中医药学校课程暂从缓议，允许民间中医学校可先行自谋组建。社会各界也给予中医办学以大力支持，从而给中医教育造成了一个较宽松的发展环境，于是有了1915年上海中医专门学校及1917年广东中医药专门学校在内务部立案成功的先例。
1915年上海名医丁泽周(丁甘仁)、夏应堂等人发起筹办，上海中医专门学校，向北洋政府备案。丁泽周《为筹建上诲中医专门学校呈大总统文》。
丁泽周呈文，反映了我国近代中医界办教育的勇气及呼声。其以简练文字，论述了创办中医教育目的意义、途径方法，需融汇中西教学之所长。全文层次分明，铺叙委婉，北洋政府接文后交教育部及内务部作谨慎批复。教育部复称；“今丁泽周等欲振余绪于将湮，设学堂而造士，兼附设医院，兼聘西医，具融会中西之愿，殊足嘉许。”内务部批云：“教育部既深嘉许，本部自所赞同，应准备案，俟该校课程拟定后送部核查可也。（Symposiumof TCM Education. Shanghai Research Society ofTraditional and Western Medicine,1939:2～3.中医教育讨论集，上海中西医药研究社，1939：2～3）。
上海中医专门学校于1917年正式招生上课，谢观首任校长，所聘教师曹家达、丁福保、陆渊雷、黄体仁、余听鸿等，均有名望。l931年学校改名上海中医学院，丁济万继任院长。
广东近代的中医教育在全国占有重要位置，其影响力仅次于上海。1913年2月，广东中医药两界人士联合粤九大善堂力量，假座广州十八甫路爱育善堂，商议筹办粤省中医中药学堂事宜：“闻因教育部颁布医药学堂章程，专西遗中，该堂院等拟办中医中药学堂，以期研究。”(Recordsof Guangdong, Charitable Organizations to Build a Schoolof Traditional Medicine and Chinese Pharmaceuticals.Guanghua Medical and Health Journal, 1913,(8):50.广东九总善堂院集议筹办中医中药学堂汇录，光华医事卫生杂志，1913，（8）：50)。
1913年3月，省港药材行及广东中医界假座广州上九路张大昌寿世会馆集议，即席决定成立“中医药学校省港筹办处”，一致公推广东近代著名教育家卢乃潼任筹办处主席(总理)，以资责成筹办广东中医专门学校。19l6年上海方面传来中医专门学校内务部立案成功消息，1917年冬卢乃潼亲赴北平拜会内务部余某，从1915年至1928年，各地兴办的中医院校还有河南中医专门学校、湖北中医专门学校、福建中医专门学校、长沙明道医学校等，惜未见有更详细的文献资料。这一时期我国中医办学教育仅属初建起步阶段，有关教学上许多问题如教材编写、课程设置、学科建设、师资培训、附属医院创办适应临床教学需要等等，仍存待于以后发展成熟。
国民政府建都南京，取代北洋政府成立南京政府。1929年2月23日至26日，国民政府卫生部在南京召开第一届中央卫生委员会行政会议，会议讨论了余云岫等四人提出的四个废止中医案，合并为“规定旧医登记案原则”，分为甲乙丙三项，其中乙项为“禁止旧医学校”。同年4月29日，国民政府教育部布告第八号，饬令中医学校改称传习所，此项传习所不在学制系统之内，即无庸呈报教育机关立案。
国民政府教卫二部公开压制中医教育，给民国时期的中医办学增添极大的困难。在这重重障碍下，我国中医药界一方面以办学形式进行艰苦的抗争，把兴办教育作为自救的途径；另一方面更加深入地进行医学教育理论与实践的探索，从而丰富充实了近代中医学校教育内容。
医学教育具有很强的实践性，中医教育尤其如是，各地中医院校创办伊始，即把附属医院建设摆到议事日程。
上海广益中医院
1917年上海中医专门学校正式招生开始上课，为扩充培植国医人才，谋求师徒传授改进之计划。校长丁甘仁及其子仲英于1921年创设上海广益医院，地址南市方斜路，其后又创设广益中医北院，丁仲英任南北两院院长，主持院务，督率同人，既赠医施药于贫苦民众，又临症授徒于莘莘学子，实开中医设立医院之先声。（DingZhong Ying significance of open campaign of Candidatesfor deputy to the National Congress. Guanghua Journal ofTCM, 1937,4(9):3.丁仲英：国大代表候选人公开竞选之意义，光华医药杂志，1937，4（9）：3）。
据何时希先生回忆：广益医院以南院为主，有高等病房，收费为日一二元，由程门雪为主任，负责医疗事务，屡挽危症。当时颇著声望，缙绅富豪有病者趋之；二等病房每床来日几角钱，重病亦有主任诊治。另有一奇特的三等病房，多为绅商损款所设，病人系老弱、瘫痿广益强院接受之，则捐款有来源也。
广益医院不仅是中医专门学校临症教学基地，也是上海中医学会会员活动场所。近代名医丁仲英、谢利恒、曹颖甫、徐访儒、秦伯未、余继鸿、程门雪等。经常在此分析疑难病案，主持学术讨论。从1921年至1925年，一共进行26次临床病例讨论。如1924年l2月1日为该院第23次讨论会之期，参加者50余人，余继鸿任评议长主席，秦伯未充当临时记录员，曹颖甫、傅雍言、郭立名等人就喉科白喉一症如何消退喉中白腐问题提出自己学术见解。
（QinBowei Record of 23rd conference Chinese Journal of TCM,1924 (10):2.秦伯未：第23次讨论会纪事，中医杂志，1924，（10）：2）。
1926年，丁甘仁创建的沪南、沪北广益中医院在国内已颇具影响。丁氏办院宗旨一是使在校学生有实习机会，二是嘉惠贫病。丁氏逝世后，后人撰《丁甘仁墓表》记曰：“欧风东渐以来，厌故喜新者，每讥中医蹈于虚，非若西医验诸实，先生雅不以为然，惟中医良莠不能齐，且西医院校遍沪上，中医独寂无所闻，亦未尽整齐鼓舞之方。于是创设中医专门学校、女子中医专门学校以毓才；复建南、北广益医院以施诊，而廷名师肩其任。学医者业既日精进，而慕院校之裨益人民者，闻风相继起。”（HeShixi. Famous Physicians in 3 Generations of Ding'sFamily in Menghe. In Medical Forest over sea. shanghai:Peoples Publishing house,1991:3.何时希：孟河丁氏三代名医,见：上海医林,上海人民出版社，1991：3）。
及至1930年，丁甘仁次子丁仲英，又创办华隆中医院及华隆分院作实习医院，该院开设有病床供患者住院留医用，并且特别强调；“本院聘请医校毕业名师授徒之医师为住院医生，每日诊察一次。（DingJiwan. Advertisement of Hualouq Hospital of TCM. HygieneNewspaper, 1930,2(17): Back cover.丁济万：华隆中医院广告，卫生报，1930，2(17)：封底）。这是目前所见到有关近代中医院校毕业生任病房住院医师查房制度的最早文献记录。
广东中医院
广东中医院筹建于1927年3月，是我国近代史上办院时间最长、规模最大、设备最齐全的中医教学医院，省港药业同人《筹建留医院捐册弁言》曰：“广东中医药专门学校，成立已三年矣。惟学医需求实习，故留医院之设，万不容缓。本校已相定对门第l01号门牌之屋，阔三间过，后门通大德马路，为医院地址。然购地建筑开办之需，非五万金不可。本校当日购地六亩余。建筑费及置图书标本校具，共耗十万金有奇，此时实无余款，故不得不为将伯之呼，此举为培植医材慎重人命而设，而相传四千余年之医学，岁销数万万金之药材，即藉以保全，善莫大焉。尚冀倾囊，不胜盼祈。”(Forewordof the donation record For Establishment of Hospitalwith Ward. Chinese Journal of TCM, 1927,(3):107.筹建留医院捐册弁言，中医杂志，1927，(3)：107)。
从1927年至l933年，省港两地中医界人士及海外粤籍华人纷纷捐款，银元送往广州一德西路位元堂药材号、大平街裕荣银行号，香港文咸东街广丰和药材行，永乐西街联益行等收银处。数年间共集腋银元25万。至1933年9月方才正式建成广东中医院行落成开幕礼。（Newsof Hospitals. Bulletin of Guangdong school TraditionalMedicine and Chinese Pharmaceuticals, 1937,(9):50医院消息，广东中医药专科学校刊，1937，(9)：50）。
广东中医院地址广州市大德路，占地300平方米，楼高三层，内有大小病房20间，病床30多张，另设有各科门诊、药房、治疗室、护理室、煎药室、太平间等，成为当时较有规模的中医医院。住院医师多为该校毕业生，如李仲守、张阶平、林夏泉、罗元恺、司徒铃等，后都成为广东省名老中医。
三十年代，是我国中医办学教育高潮时期，随着教材编写、学科建设、附属医院创办成功，中医院校在数量上较为迅速的发展。据不完全的统计，全国各地兴办的中医院校、讲习所或学社共计有八十多所。该时期中医办学的兴起，其背景与1929年余云岫废止中医案禁止旧医学校设立有关，办学成为中医抗争的手段之一；而更重要的是，教育在整个中医事业所处的重要地位，越来越明显地体现出来。
上海中医专门学校
上海中医专门学校筹建于1915年，经两年筹备于1917年正式开学。谢观首任校长。
1931年，该校改名“上海中医学院”，由丁甘仁次子丁仲英任董事长。1937年，丁仲英回顾自1917年来办学的经过：“民国六年，先君有鉴于国医学术，仅恃师徒传授，无以宏奖精粹，力求扩充培植国医人才，谋改进之计划，固国医之阵容起见，遂与仲英等发起创办上海中医专门学校，购地建舍，筚路篮缕，极尽苦心孤诣之能事。历年以来，毕业于斯校者，迄今无虑数千人，实倡海内中医办学之先声。”（丁仲英：国大代表候选人公开竞选之意义，光华医学杂志，1937，4(9):3）。
上海中国医学院
上海中国医学院创办于1927年12月，由王一仁、秦伯未、许半龙、严苍山等人发起，章太炎先生鼎力赞助首任院长。
1929年6月，中国医学院由上海国医公会接办，会长朱南山带头捐款8000银元，自是更获全沪医界支持，院务日益发展。(Administrativeaffairs of china medical college. Guanghua MedicalPharmaceutical Journal,1937,4(3):2.中国医学院院务概况，光华医药杂志，1937，4(3)：2)。
1935年，上海中国医学院由朱鹤皋任院董事会主度，薛文元任院长兼教务长。
上海中国医学院办至1939年9月，由郭伯良任最后院长，共有毕业生12届（Autograph Album ofGraduates in 12th Class of shanghai China MedicalCollege. Dean's Office of China Medical College,1939.上海中国医学院第12届毕业纪念刊，中国医学院教务处，1939）。合计12届，人数将达400。
上海新中国医学院
由近代名医朱南山筹建于1935年12月，1936年2月正式成立。该院“以研究中国历代医学技术，融化新知养成国医专门人才为目的”（Regulationsof Board of Trustees of Medical College of New ChinaBulletin of TCM,1936,3(11):39-40.新中国医学院院董事会章程，国医公报，1936.3(11)：39-40）。
该院与上海其它中医院校最大区别是设立研究院。该研究院“以实现国医科学化，养成国医高深人才以供社会需要，并以科学方式证明国医理论及治疗经过，以供世界医学者之研究为宗旨。”（Regulationsof Research Institute in Medical College of New China.Bulletin of TCM, 1936,3(11):39-40.新中国医学院研究院章程，国医公报，1936，3(11): 39-40）。
浙江中医专门学校
浙江中医专门学校1916年由杭州中药行业发起筹建，1917年正式招收学生，近代著名中医学家傅懒园首任校长兼医务主任。
傅懒园(1861—1931)，名崇黻，绍兴人，举人出身，官至教谕，后弃儒从医，精内妇儿科。民国初年傅氏联络浙江中医药界人士，集资创办中医专校，在杭州两处开设赠医所。傅氏认为：“欲振兴中华医药，当先注重人才”，学校为造就人才唯一之机关，国家之强弱，学术之进化，莫不唯教是赖。
浙江中医专门学校至1937年停办，前后办学21年，共招生20班，计学生425人。
浙江兰溪中医专门学校
兰溪中医专门学技创办于1919年。第二年由当时校长诸葛超(字少卿)前往上海，恭请名医张山雷来校任教务主任。
北平医药学校和华北国医学院
1930年，北平中医界名宿共倡创办“北平医药学校”。1931年改名“北平国医学校”，萧龙友任院长，孔伯华、施今墨任副院长。
1932年春，施今墨、魏建宏、刘肇甄、陈公素诸先生创立华北国医学院。
四川国医学院
四川国医学院创建于1936年，它在十余年中培养了大批中医药人才，据不完全统计，从1936年至1949年，累计招生23班，先后共培养学生近千人。
广东中医药专门学校
广东中医药专门学校是由省港药材行暨广州中医知名人士共同倡议创办的中医高等本科专业学校。该校筹建于1913年，并于1916年10月正式成立中医药学校省港筹办处，公推卢乃潼、李蓉生为广州筹办处总理，伍耀庭、曾思普为香港筹办分处总理，以专贵成。
中医药学校省港等分处成立后，粤省署迟迟未肯办理学校立案事宜。1917年冬，总理卢乃潼亲赴北平面见内政部长，几经艰辛努力，始获成功。1918年1月15日，奉内政部第l98号批文，应准如呈立案。1月27日，又接粤省省长公署第151号批文，准予备案候行省会警察厅切实保护。
1924年9月15日，广东中医药专门学校建成举行开学典礼，首任校长卢乃潼发表演讲：“中国天然之药产，岁值万万，民生国课，多给于斯，傥因中医衰落，中药随之，其关系至大，本校设立之宗旨，习中医以存中药，由中医以通西医，保存国粹。维护土货，以养成医学之人才。”这是卢氏对学生的训词，也可以说是省港中医界创办教育之目的。
广东中医药专门学校至1955年停办。三十年来共有毕业生21届571人，曾学课于该校者322人合计893人，培养大批优秀中医药人才。
广东光汉中医专门学校
广东光汉中医专门学校创办于1924年，前身是广州医学求益社、广州医学卫生社、广东中医教员养成所等社团教育组织，至1924年陆海军大元帅大本营(即孙中山领导之广东国民革命政府)内政部备案，改称为专门学校正式招生上课。
广东光汉中医专门学校与广州地区社会慈善机构“九大善堂”关系密切。
铁樵函授中医学校
该校由近代名医恽铁樵创办。1925年，恽铁樵与国学大师章太炎先生及其弟子张破浪共同组织“中国通函教授学社”，地址设在上海英租界西藏路大顺里509号，是年即通函教授学员250名，所发课本有章太炎编写之《杂病新论》、《伤寒论要义选刊》及恽铁樵编写的《内经要义选刊》等。（WuHouxin. Study on Yun Tieqiao, a Medical scholar inModern China. Graduate Thesis of Postgraduate Student of88 Class in the Institute of Medical History andLiterature of China Academy of TCM.吴厚新：近代中医学家恽铁樵研究，中医研究院医史文献究所88级硕士研究生学位论文，1991：17.）。1925年秋，恽氏发表“创刊函授学校宣言”，其后通函受业者多达六百余人，入学者遍及神州，南洋诸国亦多有遥从。编写面授讲义计有《伤寒论讲义》、《内经讲义》等20种。
1928年，铁樵中医函授学校停办。1933冬，又经铁樵函授医学事务所重办，问业者达三百人，并主编《铁樵医学月列》，发行20期，内设论说、学员课艺问答等栏目，成为近代中医教育史上以函授形式办学影响最大的中医学校。