中医基础理论除在固有理论体系范畴内不断有所发展外，同时由于西医学的传入，为中医学引进了一个参照系统和竞争对手，在对人体与疾病的认识方面吸收了部分西医的观点，一些新的概念或学说深入到人们思想中，例如生理、病理、解剖、诊断、细胞、组织、系统，以及神经、循环、呼吸、消化、分泌、生殖等。在基础理论方面出现了一批以“生理”、“病理”、“诊断”等命名的中医书籍和教材。l9世纪末直至20世纪40年代，否定中医主体文化、否定中医学的思潮对中医基本理论进行了冲击，中医界奋起应战（详见第五章第一节）。通过论争双方对中医基本理论的反复争辨与深入探讨，使中医界对于自身有了较为清醒的审视，认识到中西医学文化基础不同，出发点不同，方法不同，只能部分沟通，不能完全合并。中医学术自成体系，它有自己的理论范畴、实践经验和疗效证明，故始终有独立存在的价值。论争的结果，使中医理论体系得到了一次较全面的整理和较科学的诠释。
这一时期的脉学研究仍以祖述《内经》、《难经》、《脉经》、《伤寒论》等经典著作的脉学原理，结合后世名家有价值的论述和研究者个人读书临证心得体会如以阐扬和发挥为主要方式，出现了如周学海这样对诊断学文献进行系统整理，全面总结，并对脉学理论深入研究做出贡献的医家及其《脉学四种》等较高水平的著作。
舌诊是望诊的重要内容，在此期也不断得到发展。
1920年曹炳章(赤电)撰有《彩图辨舌指南》，本书有论有图，有治法有医案，兼列方药，内容较为完备。
一、中医经典著作的文献研究
近代医家在《内经》文献学研究方面成绩卓著，初期（清末民初)大多致力于经典考证、校勘，而后期则侧重于阐述经义，并进行系统的整理类编。
清末民初，在乾嘉考据学余绪影响下《内经》训诂研究兴起。晚清经学大师俞樾(号曲园，1821～1906）的《读书余录》，也涉及他读《内经》的考据心得，后人将这部分内容单独抄录，刊载于《三三医书》，题名《内经辨言》(YuYue.Analysis and Explanation of Lutcmal Classic. In: Firstvolume of Three Three Medical Book:Haongzhou,1924.俞樾《内经辨言》（《三三医书》第一集，1924年杭州排印），胡澍撰《黄帝内经素问校义》(HuShu.Proofreading of Plain Questions of Yellow Emperor'sInternal Classic. In: Pan zhuyin,eds.16Th volume ofPangxizhai's Collection: Wu County 1883.胡澍《黄帝内经素问校义》（吴县潘祖荫刻入《滂喜斋丛书》，第16期），清光绪九年（1883年）蛟仁二位堂刻本)。顾现光撰写《素问校勘记》、《灵枢校勘记》。朴学大师孙诒让(1848～1908)，在前述俞氏、胡氏、顾氏之后，再度校《素问》，著有《素问王冰注校》一卷（Sunyirang. Annolation and Proofreading of Plain Questionsby WangBing, printed by sun in Rui’an in1894.孙诒让《素问王冰注校》（《礼》卷11），清光绪二十年（1894年）瑞安孙氏刻本）。
冯承熙在《素问悬解》(清同光年间阳源冯氏本)重刻时，于书末附有《校余偶记》1卷（Feng ChengxiNotes of Proofreading Work In Explanation of suspensesin Plain Questions,1872.冯承熙《校余偶识》（附《素问悬解》后），清同治十一年至光绪六年（1872年-1880年）刻本），计收录其校勘心得90余条。近代在《内经》训诂方面硕果累累。
民国时期，由于中西医论争激烈，《内经》研究已不再停留于训诂诠释，而是阐明《内经》的学术价值，旨在捍卫中医理论体系。恽铁樵的《群经见智录》和杨则民的《内经哲学之检讨》是这类研究工作的代表作。唐容川的《中西汇通医经精义》，是以藏象学说为主体，以西医解剖知识作为经文注脚，近代大多数医家则倾向于仿照科学体例框架，参考西医学科体例设计中医学校教程，以新的思路纂辑《内经》。
《时氏内经学》与《秦氏内经学》是民国时期盛行的《内经》研究著作秦伯未致力于《内经》研究历经数十年，早年曾有《内经》训诂之作——《读内经记》，后撰成《内经病机十九条研究》。秦氏又著《内经类证》（1929年），将《素问》、《灵枢》中有关叙述病证的经文摘出，共整理得《内经》所记载病类44种和病侯311种，并对摘录的文献进行分类编纂，在文献学与研究方法上较明张介宾《类经》更为深入。最后于1934年完成《秦氏内经学》。
综上所述，近代在《内经》文献研究方面不仅成绩卓著，而且颇具时代气息，不仅论著数量多，研究深度广度超出前代，而且研究方法与风格亦与前人迥然不同。前期在乾嘉余绪影响下，进行了大量的《内经》训诂，前所未有；而后期受西学影响，在《内经》文献类编上形成奇特的框架。诸多学术因素为《内经》研究在方法论方面增添了新的活力，使得近代《内经》研究颇具特色
二、丛书、工具书的编写
近代由于西学东渐，在医学领域，除了继承前代继续汇集列刻经典医籍和汇刻经过精校、评注的典籍外，以汇刻临床实用医书和医学入门读物成为主流。中西医书的合刻及汇通医学公书的出现，是这一时期丛书领域的特点。医学工具书在这一时期有较大的发展，不仅首次出现了辞典类著作，而且各种书目在此对期得到了突飞猛进的发展，为现代医学辞典类著作和各种工具书的编写奠定了基础。据《中医图书联合目录》（1960年）所载，这一时期的医学丛书约有135部，辞典类著作约14部，书目类著作约34部。
三、医学史研究
陈邦贤著《中国医学史》为中国第一部医学通史，我国系统研究医学史著作之滥觞。伍连德称其为“空前之杰作矣。”(ChenBangxian. Preface of the first edition of ChineseMedical History. Shanghai Medical PublishingHouse,1920.陈邦贤：《中国医学史》第1版序，上海医学书局l920年)，作者认为一人学识有限，为了集思广益，倡建“医史研究会”（Chen Bangxian Regulations of the Research society ofMedieal Histoy J Tradi Chin 8 West Med,1914,10thissue.《医史研究会章程》刊于《中西医学报》l914年5月，第4年合订本第10期），“邀我邦诸友，入会磋磨”，共同修改补充。参与讨论的研究会成员中不乏医界名流，如余伯陶先生，他是神州医药总会会长，陈氏书中记载民国初年中医界为兴办教育开展请愿抗争之事，余先生正是这次请愿活动的组织者，可见这一节记载翔实可信，是来源于当事者的第一手资料。这部专著内容丰富，给后人留下许多可贵的史料。
近代我国另一部重要的医学史著件，是王吉民、伍连德合作撰写的《History of ChineseMediecine(中国医史，英文)》。伍连德，王吉民是中华医史学会的创始人。此书在近代西洋医学传入中国的历史进程方面，记述甚详，内容丰富，书中引用了大量的第一手资料（如教会、海关中有关资料），对西医在我国逐步成长的历史作了翔实记载。
近代较晚年代的医史著作，有李涛的《医学史纲》，陈邦资《中国医学史》，王吉民、伍德《中国医史（英文）》和李涛《医学史纫》等三部著作，是中国近代具有代表性的医学史研究成果。
在中国医药发展史研究方面，随着兴办中医教育，在各院校教材的基础上，产生出几部医史著作。谢观(利恒)《中国医学源流论》(1935年)是一部中医史佳作。
近代我国医史界在开拓疾病史研究方面成绩卓著。
博物馆在我国作为一种独立的文化机构发轫于近代。1938年中国医史博物馆正式成立，王吉民任馆长，该馆是我国最早的医史专业博物馆。