一、针灸疗法的起源
针灸起源有人以为早于药物，这一结论可能是一种主观的想象推断，很难有确切的依据。针或灸的医疗方法，都需要借助医疗工具，且需刺灸人身的一定部位，应该说较难于药物知识的积累。针刺工具之发展，大体上有这样一个过程，即砭石→箴石→箴→（钅咸）→针。如此，则其质之发展改进似由砭石而石针、竹针木刺、骨针、青铜针、铁针、金银针……等。砭石在远古不单用于刺病，而且用于外科化脓性感染的切开放脓的可能性更大些。晋代郭璞注《山海经·东山经》之砥石时说：“可以为砥针，治痈肿者。”清代郝懿行认为“砥当为砭字之误，可以为砭针是也”《说文解字》注：“砭，以石刺病也。”可见，砭石在远古的用处，一是治化脓性感染的脓肿；一是以石刺病，可能包括有针刺穴位的针灸疗法在内。
现代学者大多认为砭石为针之母体，那么针灸起源于砭石应该是有道理的。这不但从文献记载找出了不少依据，在发掘的原始社会、新石器遗址中有不少砭石存在，我国考古发掘，原始社会的砭石、石针、骨针、青铜针等越来越多，许多形状也大体相似，给讨论针灸的起源增添了珍贵的资料。至于传统的观点，如《路史》“伏义……而制九针”。很明显，制九针当晚于制针，更晚于砭石之打制和应用，如果伏义制九针的故事有其一定的真实性，那么伏义时代约相当原始社会的山顶洞人时期，砭石之用于外科、针灸当至少已有万年以上的历史。
针灸疗法除针刺疗法外，还有灸疗法，灸的起源也很有趣，不过从文献记载和考古发掘中均未能得到较确切的证据，因而人们的研究只能出于一种推论。譬如：人们认为现代用艾绒做成艾炷或艾条，点燃以烘烤或烧灼熏人体一定之穴位，用以治疗某种疾病，既用火、艾火治病，为考其最早起源，便想到了原始人用火、人工取火的方法，将烧热的卵石熨身以驱寒，并把热卵石熨身某一部位对某种不适更有效的经验不断积累，疗法即从中慢慢诞生。这种推论虽然未必完全符合历史实际，但不无一定的科学道理。《素问·异法方宜论》在论述灸法的来源时有这样一段话，即：“北方者，……真地高陵居，风寒冰冽，其野处而乳食.
藏寒生满病，其治宜灸焫。故灸焫者，亦从北方来。”两千多年前医学家之这一认识其根据不得而知，至少是人们和医家口耳相传的历史传说之类的记事作依据。灸法始于原始人取火用火领域不断扩大之际，恐怕不会有很大的偏差。
二、外治法和按摩导引的起源
原始社会人们的生活、生产水平低下，条件极差。为了生存，人与野兽的搏斗，氏族部落之间的争夺搏斗及恶劣环境所致，外伤、风湿性疾病、关节之风寒湿痹等，是原始社会人们的常见病。对此，和先民逐渐积累经验，产生抵御和预防的思想和措施。譬如：《吕氏春秋·古乐》在论述原始人歌舞时指出：“昔陶唐之始，阴多滞伏而湛积，水道壅塞，不行其原，民气郁阏而滞着，筋骨瑟缩不达，故作为舞以宣导之。”它真实地描述了远古人们生活于阴暗、潮湿的环境里，因此造成人们多患筋骨瑟缩不达的风寒湿痹之关节疾病。人们创用舞蹈运动，预防这些常见病。按摩、导引既用于解除人们因过度的体力劳动所引起的肌肉僵硬、关节劳损，也用于防治因与野兽搏斗或战争搏斗所引起的伤害和骨关节折伤脱臼，人们由最初之盲目、不自觉到自觉认识，按摩、导引、外治法即逐渐从中而诞生。