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从一篇论文中提及的概念，到拥有完备理论体系、学科队伍、研究平台、技术方法的新兴学科，从1995年到2015年，分子生药学走过了20年的发展路。分子生药学的产生将生药的研究层面向微观推进到分子层面，极大地丰富了以往对生药的认识，研究层面的改变导致了利用独特视角建立解决思路、方法和理论，解决中药资源和中药鉴定领域中的关键问题。
分子生药学的诞生
新技术带动生药学发展
1995年，黄璐琦在《中国中药杂志》上发表《展望分子生物技术在生药学中的应用》一文，首次提出了“分子生药学”(Molecularpharmacognosy)的概念。2000年，黄璐琦等主编的《分子生药学》第一版由北京医科大学出版社出版，标志着分子生药学在国内诞生，该书陆续成为复旦大学、北京大学和华西医科大学等高校的研究生教材，得到了广大师生的好评，并获得中医药专家的高度评价。
正如谢宗万教授对分子生药学的评价:“《分子生药学》的出版，是新思想、新方法、新技术在中药和生药领域里的扩大应用，使我国生药学上了一个新台阶”。中国工程院院士肖培根在为《分子生药学》一书写作的序中这样说:“以黄璐琦教授为代表的我国年轻一代的生药学科技工作者，以他们的敏锐洞察力预见到将先进的分子生物学的原理和方法引入到传统生药学科的重要性和必要性，并倡导提出它可以成为生药学学科中的一个分支学科”。
于2006年出版的《分子生药学（第二版）》，2010年获得中华中医药学会著作奖一等奖。2015年，黄璐琦与刘昌孝院士共同主编的《分子生药学（第三版）》出版，该书对分子生药学成果进行了系统的梳理和总结。
现在，分子生药学学科的基础理论已经建立，其具有独立的研究内容和成熟的技术方法，并已形成道地药材形成的分子机理研究、药用植物分子系统研究、中药分子鉴定研究、珍稀濒危中药资源的遗传多样性分析与保护研究等七个稳定的研究方向。
“通过对国内外相关文献进行对比，认为我国分子生药学具有中药特色，对中药学的发展有较大的促进作用。”刘昌孝院士表示，现在分子生药学更加注重解决生药学的实际问题，特别是道地药材形成分子机理、分子育种、药用成分的生物合成等方面的工作，这是对分子生药学研究领域新的探索，无疑会带来更大的挑战。
学科建设日趋成熟
硬件软件齐备
自1995年以来，20年间，分子生药学学科已走过萌芽期、形成期、快速发展期，进入相对成熟期，形成了覆盖全国的分子生药学科研机构和学术队伍，逐步建立了面向本科-硕士-博士研究生以及在职人员的纵向多层次学科教学体系，初步培育了由实验室-重点学科-学术期刊支撑的多元化的学科平台。
作为《分子生药学》一、二、三版的编委，天津大学高文远教授说：“第一版的时候，技术还主要以随机扩增多态性DNA技术为主，现在已经很少用了。”随着生命科学以及生物技术的发展，分子生药学的内涵和外延都发生了很大的变化，它已成为一门研究方向稳定、技术水平领先、理论思想创新、学术影响广泛、学科队伍合理的较为成熟的交叉学科。
学科建设是我国高等教育发展的一个重要任务，高等学校学科建设水平是衡量人才培养水平的一个重要评价指标。2003年，国家中医药管理局“生药分子鉴定”三级实验室建立，2006年，沈阳药科大学与韩国东亚大学联合建立了“中韩分子生药学实验室”。2009年，“国家中医药管理局道地药材生态遗传重点研究室”认定。随后，蒙药分子生药学实验室、贵州特色分子生药学实验室、湖北道地药材分子生药学实验室等相继成立。
2012年，分子生药学成为国家中医药管理局重点学科（培育），2013年“道地药材国家重点实验室培育基地”开始建设。
沈阳药科大学贾景明教授指出，通过20年的发展，作为中药学的一个分支学科，分子生药学已形成了以“基础研究为重点，以创新研究为核心，以应用研究为目标”的学科建设思路，建立了稳定的人才培养目标和科学研究方向。分子生药学在传统中药学学科建设框架基础上，将理论与实践紧密结合，突出了复合型高级人才培养的任务要求，学生学习目标明确，深入浅出，学以致用。
教学体系不断完善
教学科研后备军助力学科发展
近20年来，分子生药学教学从无到有，已形成了相对独立的学科教学体系，本科、研究生教学规模不断扩大。
2001年，北京中医药大学和沈阳药科大学分别开展了分子生药学本科和研究生教学。2008年，黄璐琦、肖培根共同主编的新世纪全国高等中医药院校创新教材《分子生药学》由中国中医药出版社出版，目前国内20余所高等院校针对本科或研究生开设了分子生药学课程。
“随着分子生物学的快速发展，分子生物学技术已经成为生命科学各个分学科的共同语言，也成为中药学和其他学科交流的语言之一，分子生药学的理论和技术已经成为解决中药领域里一些关键问题的重要工具。”在北京中医药大学刘春生教授看来，分子生药学在中药高等教育体系中的前途是光明的，目前为满足科研生产的需要，分子生药学高等教育发展迅速，已建立了涵盖本科、硕士、博士的教育体系。
“作为一门专业课，分子生药学的师资不仅仅需要掌握分子生物学知识技能，也要熟悉中药学的知识技能的分子生药学，未来还需要进一步加强分子生药学课程体系的建设。”刘春生说。
自2012年起，在国家中医药管理局分子生药学继续教育重点项目的支持下，中国中医科学院中药资源中心联合中医药院校举办分子生药学暑期研修班活动，先后有380余名研究生和青年教师代表参加了研修班活动，促进了分子生药学教学和科研水平，推动了分子生药学学科的发展。
研究追踪行业热点
注重成果转换，国际影响扩大
“分子生药学研究领域的热点和重点，引领着中药资源、中药鉴定、中药品质形成与质量评价研究的方向”，福建农林大学张重义教授说，“分子生药学的研究是开放的，体现了多学科交叉融合与创新”。分子生药学已由理论探讨向实际应用转化，并获得大量的科研成果。如黄璐琦等应用CytB序列对蕲蛇和乌梢蛇设计特异引物进行PCR 扩增鉴别，该方法成为首个写入《中华人民共和国药典》的分子鉴别方法。在此基础上中国中医科学院中药资源中心联合博奥生物集团有限公司，联合研制了相应的鉴别试剂盒，供中药质检部门、企业、科研院所使用。
中国中医科学院中药资源中心通过与中国科学院大连化学物理研究所赵宗保研究员课题组和肖红斌研究员课题组、天津工业生物技术研究所张学礼研究员、遗传与发育生物学研究所王秀杰研究员课题组、上海植物生理生态研究所陈晓亚院士课题组以及美国爱荷华州立大学Reuben J Peters教授课题组合作，在药用植物活性成分生物合成功能基因及其合成生物学等方面的研究取得重要进展。
2014年11月，以“合成生物学与中药资源的可持续利用”为主题的第510次香山科学会议学术讨论会在北京成功召开，来自国内近30个单位的40余名专家学者应邀出席了会议，标志着分子生药学新兴方向——药用植物有效成分的合成生物学研究的形成。
为了促进分子生药学的国际发展，提高国际影响力，2012 年《分子生药学(英文版)》在Springer 出版社发行，该书的出版，标志分子生药学获得了国际的认可。2013 年在RAMP 出版的《药用植物研究进展》一书(Recent Progress in Medicinal Plants)的35 章中系统地介绍了分子生药学的发展历程和研究现状。
分子生药学是一门由具有200年历史的生药学和只有62年历史的分子生物学杂交而生的边缘学科，也是一门产自中国而走向世界的年轻学科。生药学发展之初，从德国人塞德勒1815年提出生药学到马蒂乌斯出版首部专著用了27年，而分子生药学从提出到出版首部专著只用了5年。
马小军研究员说：“科学技术的日新月异，为分子生药学支撑其广阔的发展空间。随着分子生药学的迅速发展，这门新兴学科对中药资源和全世界药用动植物的开发利用正在发挥不可替代的重要作用。”
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