很早以前，人们就注意到这样的现象：在烈性传染病（即瘟疫，如天花、伤寒、白喉等）流行期间，那些染病后痊愈的人往往不会再次染同样的病，因为在他们体内已产生了对这种传染病的抵抗力，因而可以由他们来护理病人，最初免疫概念也由此而起：免疫即为“免除瘟疫”的意思，是指身体对传染因子的再次感染产生的抵抗力，抵抗力的强弱可以用免疫力来表达。所谓传染因子指的是细菌、病毒等病原微生物，这就使免疫与微生物学密切相关，使人们认为免疫仅仅指身体对感染的防御功能，而且免疫对身体都是有利的。
随着研究的深入，对免疫也有了新的认识，认为上述的早期概念并不能确切反映免疫的本质，因为人们发现与传染病无关的过敏反应、器官移植排斥、肿瘤的发生发展、不育、衰老等。实际上都与免疫有关。所以现代的免疫概念应该是指身体识别“自身”和“异已”的活动，就是一种区分“敌”“我”的活动，“异已”（敌）可以是侵入体内的微生物、输血不慎而进入的血型不符的他人血液、移植体内的器官、不同于机体正常成分的肿瘤细胞等，这种能刺激机体产生免疫应答的所有的“异物”，统称为“抗原”。机体的免疫机能，首先是区分自身和异已成分，然后通过免疫过程，最终表现为对异已成分（抗原）的排斥，这种排斥所造成的后果，许多是对机体有利的。如抵抗感染等；但有些则对机体有害，如发生过敏反应，自身免疫病等，所以过去认为免疫对机体都是有利的概念是不全面的。