病毒性肝炎表现十分复杂，做诊断时切忌主观片面地只依靠某一方面或某一次单项异常就肯定诊断，正确的诊断必须依据流行病学，临床表现及实验检查，再结合患者具体情况及动态变化进行综合分析，并作好必要的鉴别，最后还要依据免疫学检查结果作出病原学诊断，才能作出完整的确定诊断。
急性肝炎患者血清抗-HAV-IgM阳性，可确诊HAV近期感染。慢性乙型肝炎或自身免疫性肝病患者血清中检出抗-HAV-IgM阳性时，判断HAV重叠感染应慎重，须排除类风湿因子（RF）及其他原因引起的假阳性。
凡血清HbsAg阳性，或血清HBV-DNA阳性，或HBV DNA聚合酶阳性，或血清HBsAb-IgM阳性。或肝内HbcAg和（或）HbsAg阳性；或HBV DNA阳性，如有以上任何一项阳性，即可诊断现症乙型肝炎病毒感染。如无任何临床表现，肝功能正常，抗HBs持续阳性6个月以上者，可诊断为慢性HbsAg携带者。
急性丙型肝炎诊断：急性患者血清或肝内HCV-RNA阳性或抗-HCV阳性，但无其他型肝炎病毒的急性感染标志，慢性丙型肝炎，血清抗-HCV阳性或血清和（或）肝内HCv RNA阳性。
丁型肝炎病毒为缺陷病毒，需依赖HBsAg才能增殖，可表现为HDV、HBV同时或重叠感染。
慢性乙型肝炎病人、慢性HBsAg携带者，血清HDv RNA和（或）HDAg阳性，或抗HD-IgM和抗HD-IgG高滴度阳性，肝内HDv RNA和（或）HDAg阳性，可诊断为HDV-HBV重叠感染。
急性肝炎患者抗-HEV阳转或滴度由低到高，或抗-HEV>1：20或斑点杂交法或聚合酶链反应（PCR）检测血清和（或）粪便HEv RNA阳性，可诊断为戊型肝炎病毒感染。