水灾后就怕由污水传播的传染病流行，其危害性不亚于天灾。传染病是从外界感染到病原体后，不但自己患病，而且又将病原体排出，污染环境而传染给他人，造成很多人患病，传染病的发生有三个环节，即传染的来源、传播的途径和免疫力低的易感人群。发生传染病必须存在病原体，病原体的来源是传染病病人及自己虽未病但为带病原体的人（带菌者）或动物。传播途径一般可通过消化道、呼吸道、直接或间接接触、创伤或昆虫媒介等。假如人体免疫力低下，就容易得到感染。
在发洪水后容易发生传染病的传播途径主要是消化道，因为人的吃、用离不开水，而发大水时的水源中带有农田、兽舍或泥土中各种各样病原体，而且有人和动物粪尿等排泄物的污染，如果这样的水没有经过彻底消毒，人饮或用后就会得到传染。从水中经消化道传播的病原和传染病有：
（一）霍乱弧菌引起霍乱或副霍乱。该细菌进入胃到小肠，约3天后就会发生严重呕吐和腹泻，粪便呈米汤样。由于大量失水，病重者可因肾功能衰竭而休克死亡。
（二）痢疾或副痢疾杆菌引起痢疾或副痢疾。细菌在大肠内繁殖，产生的毒素引起肠粘膜炎症、溃疡、坏死，人在受染后1～3天发病，有发热、腹痛、腹泻，粪便中有粘液或脓血。严重者可发生微循环衰竭、休克，甚至危及生命。
（三）沙门氏菌引起肠炎、食物中毒、败血症、伤寒或副伤寒。沙门氏菌有几千种，有的经污水或食物感染后4～24小时发生胃肠炎，有发热、恶心呕吐、腹痛腹泻，一般病人一周内痊愈，但治疗不及时也可造成死亡。有的沙门氏菌可以从消化道侵入血流引起败血症，有发热、出汗、面色苍白等中毒症状。伤寒和副伤寒沙门氏菌可从小肠侵入淋巴组织，进入血流，到达全身器官，引起持续高热、乏力、全身酸痛、肝脾肿大，肠壁局部组织坏死脱落形成溃疡，造成肠出血或肠穿孔，粪便中不断排菌，病程数周。
（四）大肠杆菌。虽然大肠杆菌存在于每个人肠道，不但无害，而且有益，但大肠杆菌型别很多，有的型有各种各样致病性。1996年5～8月日本发生了世界上最大的一起肠出血性大肠杆菌O157:H7的暴发流行继而我国江苏、山东等地也陆续有病人发现，该菌引起出血性肠炎值得重视。
（五）戊型肝炎病毒引起病毒性肝炎。虽然甲型肝炎病毒也经消化道感染，但经饮、用水和食物传播的主要有戊型肝炎病毒，我国西北、东北等地曾有流行，洪水过后更要注意戊型肝炎发生和流行的可能性。
发大水后，除要防止消化道传染病外，其他如接触途径传播的传染病也属重要，如钩端螺旋体引起钩端螺旋体病，此病在人与兽均可患病。该螺旋体存在于受感染的鼠类或家畜体内，从尿排出污染水源，尤其在发洪水地区，当人接触疫水后，钩端螺旋体穿透皮肤粘膜侵入人体，病人轻者症状如流感，重者有黄疸出血，病死率高。又如布氏杆菌引起布氏菌病，也是人畜共患，我国华北、东北和西北畜牧区有流行。布氏杆菌可随家畜尿粪排出，污染水源，人通过接触疫水等途径受到感染，细胞在血流中繁殖，可引起波浪热，难以根治。此外，还有血吸虫等寄生虫感染的可能。
要防止上述传染病的发生，首先要避免接触疫水，并将用水净化，饮水消毒。水净化可用明樊沉淀，饮用水可用0.5～1%漂白粉消毒，在5分钟内杀死一般微生物，再经100℃煮沸5分钟即可。排泄物可用5～10%来苏尔处理，擦拭病人用具。接触病人后的手可用1:1000新洁尔浸泡。如今，许多传染病可用疫苗接种来预防，必要时，可用打预防针的办法提高人群对传染病的免疫力。