三国以后，与外国的陆上、海上交通均已逐渐发达，交往逐渐开展，其间自然也带来了医药卫生方面的交往。
一、中印医学交流
中印两国，都是古代的文明古国，各有自己的民族文化。两国的医学在古代都已十分发达。早在后汉时期波斯籍佛徒安世高开始翻译佛经，其中即有涉及医学的一些内容，如关于胚胎发育的内容，就出现在《地道经》中。古印度医学是吠陀时期出现的，称为“寿命吠陀”，或称阿输吠陀，其内容大致有八个方面，体现在后代古印度医学遗留的一些医学著作中如伐八他氏（Vagbhata）的《八支心要集》，此八支的内容包括内科，又称身病医方又称之为身患），外科，小外科又称利器医方，鬼病方科，小儿科或称看童法，毒药科又称恶揭陀药科论，亦即解毒学，长寿科及性医学。由于两晋时代佛学已经陆续输入我国，而古代印度佛学中有五明学，其中之工巧明即包括寿命吠陀在内，这就难怪两晋以后，印度医学曾在我国产生一定的反响。如佛学讲究四大学说，葛洪《肘后备急方》经梁陶弘景整理后，就把它更名为《补阙肘后百一方》，并且提出：“人用四大成身，一大辄有一百一病，是故深宜自想。”这些都是受印度的“四大”学说的影响的。我国对印度的医学上曾有过一些影响，如六世纪的高僧宋云在其《行纪》中，就介绍了华佗医术在印度传播的情况。我国的药物，早就通过丝绸之路输入印度，被誉为“神州上药”，这从唐代僧人赴印度取经归来所写的著作中可以见到。
二、中日医学交流
中国与日本是一衣带水的邻邦，早就有友好往来。早期的日本在与中医学的接触方面，主要是通过古代朝鲜进行的，其后，我国与日本的往来就比较频繁。日人木宫泰彦在《日中文化交流史》中指出：“《宋书》和《南史》中所载日本和南朝的往来虽然主要出自政治关系，而来往于汉人的文化中枢南朝首都建康前后既达八次之多，亲眼看到中国宫庭中庄严的仪式礼节和汉人的灿烂的文化生活，必然带回一些新知识，对日本文化的发展发生很大的影响。应该说，在本时期的早期，中医时日本的影响主要是间接的，如日本仁德天皇时，当时朝鲜的韩医方即传入日本”。（史世勤《中医传日史略》，华中师范大学出版社1991），后来，允恭天皇、雄略天皇（五世纪）、钦明天皇（六世纪）曾先后向朝鲜求医，有的是因为皇室成员或天皇本人患病，有的是时疫病流行。朝鲜曾应请分别派出金波镇、汉纪武及其他医家去日，以“韩医方”开展治疗，而当时之韩医方即是中药为主的医疗体系。
公元562年，日本钦明天皇时期，吴人知聪携《明堂图》共一百六十四卷到日本，对该国后来古代医学，尤其是针灸医学的发展，产生重要影响。此后，日本的医学发展很快，出现了一些著名的医家和医著，如公元808年出云广员的《大同类聚方》，是为最早的日本汉医方，深江辅仁有《掌中要方》、《本草和名》等，也都较有影响，其他医家还有和气广世、小野根藏等，也都是有名汉方医家。这些都与这时期汉医方的传入所打下的基础密切相关。
三、中朝医药交流
中朝两国山水相连，自古以来文化交流十分密切，早在西汉时期，中国与朝鲜之间医、药、卫生等方面交流已经开始。
中朝医药交流到了两晋南北朝时期更频繁和深入。早在公元四世纪中叶，中国僧侣顺道、阿道、摩罗难陀和墨胡子等携汉译文佛经相继到高句丽（公元372年）、百济（公元384年）和新罗（公元422年）。由于佛典“五明”中就有“医方明”，所以僧侣本身知医药会施疗（金斗钟：《韩国医学史》，第42，36，37，41，48页，韩国探求堂，1966年版）。
据朝鲜《三国遗事》卷三“顺道肇丽”，“阿道基罗”条的记载，当时去朝鲜的中国僧侣顺道、阿道、墨胡子等会施医疗，出入于宫廷，边传教，边施疗（然禅师撰《三国遗史》，第200，203～205页，韩国学友社刊，1964年改订版）。加之，以施疗为主的僧医也逐步增多，曾一度在朝鲜颇盛行僧侣医学。随后葛洪《肘后方》、陶弘景《本草经集注》也相继传去，中国养生法及炼丹、炼金术，朝鲜称它为“仙道术”，陶弘景《本草经集注》：“金屑，辟恶而有毒，不炼服之杀人，高丽……成器炼熟可服”（陶弘景：《本草经集注》）。百济把葛氏《肘后方》的治肺痈方和治丁肿方收载于《百济新集方》里（金信根：《韩医药书考》第1页，汉城大学校出版部，1989年初版），据《周书》载，百济“兵有弓箭、刀梢……其秀异者颇解文，又解阴阳五行……又解医药卜巫占相之术。”（《二十五史》，“周书”，第84页，上海古籍出版社，上海书店，1986年版）。时隔二十年后，中国陈文帝天嘉二年（561），吴人知聪携内外典《本草经》、《明堂图》等164卷医药书赴日，途中路经高句丽，在高句丽传授了汉医学，（坂本太郎等校注，《日本古籍文学大系》分卷，“日本书记”（下）“卷19”,第126页，岩波书店，1965年版），更进一步地促进了朝鲜医学的发展。医事制度方面，朝鲜百济按照中国南北朝时期将医者与药者分工成为太医丞和药藏丞的作法，设置了医博士和采药师。（金斗钟：《韩国医学史》，第12，36，37，41，48页，韩国探求堂，1966年版）。
本时期，中朝两国间的药品交往亦较密切，陶弘景撰《本草经集注》里收载的高句丽、百济所产和使用药材就有人参、金屑、细辛、王味子、款冬花、白附子、蜈蚣、昆布、芜荑、银屑等，且对药材形状和药性做了详细记述，如对人参记述“乃重百济者，形细而坚白，气味薄于上党；次用高句丽，形大而虚软，不及百济……”，再如对款冬花记述“第一出河北，次出高丽，百济，其花以大菊花。”（陶弘景《本草经集注》）
四、与其他国家的医学交流
古代的越南属交州辖地，两晋南北朝时期，有一些有关交州的记载。如贾思勰《齐民要求》，晋·稽含《南方草木状》等，都载有交州的物产，其中有些与医药有关。如：《异物志》提到交州的椰树，说它”实如瓠……食之美于胡桃味也。肤里有汁斗余，其清如水，其味美于蜜，食其肤，可以不饥；食其汁，则愈渴。”《齐民要术》引《南中八郡志》说：“交趾特出好桔，大且甘，而不可多啖，令人下痢。”书中还提到诸如扶留蘖、桶子、槟榔、鬼目等也都可供药用。当时越南输送到中国的香药有沉香苏合香等。南齐时，苍梧道士林胜在越南行医，以温白丸治，下腹胀满颇效验。《南齐书》还载有“林邑国传”，其中有关于丧葬等卫生习俗的内容，如说人死后“燔尸中野以为葬，远界有灵鹫鸟，知人将死，集其家食死人肉尽，飞去，乃取骨烧灰投海中水葬。”《南史》记载、扶南（即今柬埔寨）国王遣使送中国以郁金、苏合香等。干陀利国、婆利国（即今印度尼西亚的加里曼丹岛）输送给中国物品内有香药。
我国医学在这一时期也传入阿拉伯地区。如西晋王叔和《脉经》，就曾传到该地区，后来阿拉伯医圣阿维森纳的《医典》中。就反映了《脉经》中关于脉象的内容。另外，我国还从其他国家输入一些医方书。如《隋书·经籍志》所载的《乾陀利国治鬼方》十卷、《新录乾陀利治鬼方》五卷，据考证。此乾陀利在刘宋时为干陀利，即今之印度尼西亚苏门答腊。其中之治鬼方或与印度八支中之鬼病科相似（范行准：《中国医学史略》中医古籍出版社1986）。