明之后期，政权愈来愈见腐朽。公元1644年3月18日，李自成率农民起义军攻陷北京，明王朝宣告灭亡。时当东北地区女真民族，在努尔哈赤、皇太极、福临祖孙三代努力下，重新崛起之际。族名改称满族，组成八旗子弟兵屡犯明朝地方政权，经济和军事实力大振，觊觎关内。明朝总兵吴三桂在与李自成接战同时，引清兵入关。李自成回师北京，于4月29日即皇帝位，国号“大顺”，但于次日即退出了北京。于是清军顺利入京，并正式建立了清王朝。
满族入主中原，由奴隶制度急剧过渡到封建制度，大力加强封建集权统治制度。内阁之上，另设“议政王大臣会议”(后为“军机处”)，是最高决策机构，直接对皇帝负责，全由满族贵族组成。地方行政分属总督、巡抚、布政使、按察使及知府、知县等各级长官，满汉兼任，但唯知府以下方准多用汉人。从康熙到乾隆，既建成了这样一个满汉合一的统治政权模式，又将中国的封建制度推到了顶点。
“康乾盛世”，社会经济发展。奖励垦荒，轻舶薄赋，惩治贪污，兴修水利，节约开支，至康熙四十八年(1709)，户部库存银已由原先的1000余万两增至5000多万两，出现了相当安定和繁荣的局面。雍正即位，进一步发展为“摊丁入亩”政策，等于取消了千百年来实行的“人头税”。其结果，全国人口大大增加，公元1661年统计人丁户口为1900多万。公元1711年亦仅2462万，而至公元1774年，全国人口已猛增至22102万。
清统治者沉溺于奢侈生活，对外部世界资本主义的发展并无察知，对民间资本主义的萌芽，也无认识。
明末清初社会动乱时期，出现过一批伟大的先进思想家，如方以智、王夫之、顾炎武、黄宗羲、唐甄、颜元等。他们的政治主张基本上是反清的，因此多被下狱，或避地隐居。哲学上，他们批判宋明理学，阐发“经世致用”和“气”的物质性原理。为了巩固统治，康熙帝等大力推行宋明理学，把孔子，祭朱熹，将其列入十哲，并亲撰“圣谕”以为弘扬。雍正还规定《圣谕广训》必须家喻户晓，能够背诵。儒臣大受宠用，《朱子全书》、《性理精义》等四处发送。为了打击一切有反清嫌疑的文人，把中国的“文字狱”发展到了登峰造极的地步。
此外，清朗中期以后的闭关锁国政策越来越严厉，也阻碍了西方文化的东渐和交流。顺治和康熙都曾优渥礼遇明未来华之传教士汤若望、南怀仁等，康熙甚至请他们入宫讲学，使他自己成为中国历史上最通科学知识的皇帝。汤若望除授钦天监实职外，还得到正一品的荣衍。但是，后来因传教士内部争议，罗马教皇发出“禁约”，并两度派特使晋见康熙，要求改变利玛窦的传教法度，禁止中国天主教徒参与祭孔、祭祖、行吊丧之礼及悬挂“敬天”之医，理所当然遭到康熙斥逐，最后下谕“以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”（故宫博物院编《康熙与罗马使节关系文书》第14通）。但实际上传教士仍在中国各地活动。雍正时，广东、福建等省地方官屡有“欧亚人侵扰我百姓，蔑视我法律”的报告，情况已与康熙时有所不同。后来又考虑到边疆之患及思想体制之被淆乱，乃有乾隆朝下令闭关锁国。商人及知识分子一概不准到海外贸易、考察，汉人出洋者为“自弃王化”，不论官民一律杀头，没收货物财产，并且坐连保甲属官。至此，就从原来的因保护主权而闭关锁国发展成对一切外来文化和经济交流均予析拒的自闭政策了。这样，中国历史性地失去了一次与外部世界交换认识、争取同步前进的机会。
在上述背景下，清代前中期的医学发展，呈现出一个比较错综复杂的局面，中医学传统的理论和实践经过长期的历史检验和积淀，至此已臻于完善和成熟，无论是总体的理论阐述，抑或临床各分科的实际诊治方法，都已有了完备的体系，而且疗效在当时的条件下是卓著的，与世界各国医药状况相比还略胜一筹。尤其是温病学派形成，在治疗传染性热病方面，降低死亡率、预防传染，起到了积极作用。其中人痘接种以预防天花方法的大力推行，更是中国乃至世界医学史上光辉灿烂的一页。次如解剖学的革新趋向，也说明了中医学在努力寻找新的突破口。
但是，长期的闭关自守，浓厚的尊经风气使这一时期的医学停滞于既有的“完美”，而不能真正全方位地有所突破。西医传入的势头在清初之后不久就低落下来，新鲜的知识和观念没有机会进入中医社会，这种冲击要到清代晚期才真正到来。中医界在寻找多途发展，但时机还没有成熟。