温病学说是中医在漫长的岁月里，沿着中医理论体系的发展与外感发热性、流行性疾病作斗争得来的中医学宝库中的瑰宝之一。
吴有性之后研究温病的学者逐渐增多，戴北山之《广瘟疫论》及喻嘉言、陈平伯之论温以及余师愚之论疫、周扬俊论温热暑疫等等。他们于温热的病因、症状、治疗等有一定认识，但在病机理论上仍未能统一。
温病学说发展至清代已盛行于大江南北，叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英是温病学派成熟阶段的杰出代表，故有人称他们为“温病四大家”。
明清时期的温病学家，多产生于以苏州为中心的江苏、浙江地区，主要与该地区当时经济、文化、科学的发达，以及河流密集、交通便利、人口流动大，温病流行频繁等因素有密切关系。正是由于这时期温病学家以及其他医家对温病的医疗实践和理论上的发展，使温病在理、法、方、药上自成体系，形成了比较系统而完整的温病学说，从而使温病学成为独立于伤寒的一门学科，它既补充伤寒学说的不足，又与伤寒学说互为羽翼，使中国医学对外感热病的理论、诊断与预防等，向着更加完善的方向继续发展。
清代温病学说的主要成就，可归纳为：
(一)确立了温病的辨证论治体系
1、叶天士创立卫气营血辨证。叶桂首先提出：“温邪上受，首先犯肺，逆传心包。肺主气属卫，心主血属营”，“大凡看法，卫之后方言气，营之后方言血。”明确指出了温病的病因、病机、感邪途径、发病部位，同时把温病的整个病理过程，划分为卫、气、营、血四个不同阶段，以此作为辨证论治纲领，揭示了温病由卫到气，自营入血，由表入里，自浅入深发展变化的传变规律以及它们之间独特的表里、内外、先后、深浅及顺逆传变的内在联系，反映了临床证候的动态规律，确立了在卫汗之可也，到气才可清气，入营犹可透热转气，入血就恐耗血动血，直须凉血散血的一系列治则，确立了温病各病变阶段相应的治疗da法，提出了“在表初用辛凉轻剂”、“或透风于势外，或渗湿于热下”，对邪气“始终在气分流连者”用战汗透邪的方法，对气病有不传血分，而邪留三焦用分消上下的方法。“救阴不在血，而在津与汗，通阳不在温，而在利小便”以及“务在先安未受邪之地”等独特见解，从而建立了温病的辨证论治体系，标志着温病学说至此已趋向成熟。叶天士在《临证指南医案》中有各种温病的大量启示，对后世温病学的发展作出巨大的贡献。
2、吴鞠通确立三焦辨证。吴鞠通广泛汲取《伤寒论》、《温疫论》、《临证指南医案》的成功经验，融汇贯通，根据叶天士所说“河间温热，须究三焦”，提出“温病自口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传，则为心包。上焦病不治，则传中焦脾与胃也。中焦病不治，传下焦肝与肾也，始上焦，终下焦。”
三焦辨证并不排斥卫气营血辨证。卫气营血分辨表里，三焦辨证分辨上下，一横一纵，相互配合、补充，相得益彰，使温病的辨证更加准确与具体化，益趋完善与成熟，成为温病辨证论治体系的重要标志。直至今日，这两种辨证方法仍被广大医者结合运用于临床。
(二)提出了温病的独特诊断方法
在温病的诊断方面，清代医学家提出了许多独持的方法，总结了丰富的临证经验，不仅对温病辨证很有价值，对内伤杂病亦有不少贡献，丰富和发展了中医诊断学。
1、察舌 观察舌质、舌苔的变化，《广温疫论》提出积粉苔是疯疫的重要标志之一。《温热论》强调观察舌质、舌苔的色泽和润枯的变化，为辨别病属卫气，或属营血的重要依据。认为舌苔可分为白苔、黄苔、黑苔；舌质分为绛舌、紫舌、淡红舌。提出凡温热传营，舌质必绛。
2、验齿 验齿作为温病独特的诊断方法，首倡于《温热论》。叶氏阐述了温病验齿的理论依据，并根据齿龈周围的血色区别阴阳，认为阳血属邪实胃热，阴血属肾液亏损，一实一虚，故治法亦有重在祛邪和重在救阴之异。
《温热论》根据齿的枯润、结辨的颜色齿垢的有无，以及有无齿痛、咬牙等表现来辨识温病，通过验齿来判断热邪的轻重、津液的存亡这一独特的诊法，是对温病诊断学的一大补充和发挥。
3、辨疹 斑疹是某些急性传染病的特证。余霖《疫疹一得》强调辨识斑疹应当注意形色两个方面，认为斑疹以松浮为吉，紧束为凶。斑疹之色以红活溶润，散布洋溢为佳境，而颜色深重，干滞娇艳，多是热毒深重之象。叶氏于斑疹的辨识亦积累了丰富的经验。凡斑疹初见。点大而在皮肤之上者为斑，云头隐隐，或琐碎小粒者为疹。认为斑属血分为多，疹属气分不少。
(三)确立了温病的清热养阴治则
在吴有性温疫热邪解后宜养阴忌投参术的思想影响下，清代对温病的治疗确立了清热养阴的治则，其临床运用更加丰富多彩，尤以叶天士、吴鞠通为代表；叶氏对温病养阴和诊治有很多创见，把养阴步骤分为甘寒养胃津、咸寒滋肾之法。同时叶天士发挥了李东垣脾胃学说，立养胃阴一法，不但用于温病，而且广泛运用于治疗某些虚劳、肝病、胃病、久嗽、血证等，亦收良效。吴由通继承并发展了《伤寒论》清热保津、泻下存阴之法，提出了清络、清营、清宫三法，吸收了吴有性对温病内热烦渴给服梨汁、藕汁、西瓜等经验，吴鞠通从理法方药方面，全面阐述了清热养阴治则在温病治疗全过程中的重要意义及其临床运用，制定了一系列养阴名方，为温病的治疗学、方剂学增添了新的内容。这些理论和方法，不但在外感热性病中至今仍有重要指导意义，应用不衰，而且广泛运用于内科杂病治疗中亦取得很好的疗效。
（一）人痘接种术的推广与历史意义
1、官方的重视与推广：人痘接种术自发明以后，一直在民间秘密流传，口传心授，笔之于书甚少。当时安微宁国府太平县(今黄山市)为全国人痘接种中心，种痘师多半来此习得其术并购买痘苗。
清初满族人入关之前，尚无天花。清兵入关，有一大批兵士遭受天花传染，原因是北地寒冷，未受天花侵袭，他们多不具有免疫力。清朝的第一位皇帝福临(顺治)，即是死于天花。这件事的直接后果是其子玄烨(康熙)因未出痘而被隔离于紫禁城外，不能尽孝，乃成终天之恨。即位之后，当他知道有种人痘可预防天花时，马上下诏征集种痘医师，并加考选。江西的朱纯嘏和陈滢祥二人，于是成了皇家种痘师，不但为皇子孙种痘，而且赴蒙古科尔沁、鄂尔多斯等地治痘及为诸藩子女种痘，康熙皇帝为此特赐府宅和授官爵予朱纯嘏。康熙皇帝在《庭训格言》中对自己推广种痘成绩特别满意。
朱纯嘏著《痘疹定论》无经受此激励，到乾隆朝撰《御纂医宗金鉴》，作为国家钦定医学教科书，第一次收入“幼科种痘心法要旨”一卷，这也充分表明了官方提倡和推广的态度，亦使种痘法标准化了。
这种官方的推广，至少使官宦大臣富有之家的儿童，普遍实行了种痘，但庶民贫寒阶层未必尽能得益。经过数十年乃至百年的官方和民间医生推广，至此人痘之术，渐渐深入人心。民间种人痘之术，一直到本世纪上半叶还流行不殆。
2、人痘接种的技术改进
人痘接种在发明之时究竟所用何法，因乏资料，今不得而知。《张氏医通》记载的有痘浆法、痘痂法、痘衣法，其中痘痂法又分旱苗、水苗两种，故合计共四种方法，推测痘衣法为最原始粗糙一种，不过简便易行，只要将患天花小儿所穿内衣脱下，令未病小儿穿之即可造成一次传染接种，但成功率较低；痘浆法或亦早期所曾施行，将患儿痘疱挑破，直取其浆接种，传染既烈，且损患儿甚重，所以被斥为“不仁”。后来的事实，痘衣法尚间有之，痘浆法则基本杜绝。
水苗法可能是痘浆法改良而来。按照《医宗金鉴》的描述，是将新棉摊成薄片，将痘痴研细调以净水，裹于其中，然后塞入鼻孔，男左女右，系以红线，免被吸入或咽下。六个时辰(12小时)后取出。此一种法安全可靠，特别是说“既种之后，小儿无受伤之处”。
水苗法又称“塞鼻法”，旱苗法则另称“吹鼻法”，较水苗法为晚起。《医宗金鉴》云：“旱苗种法，用银管约长五、六寸，曲其颈，碾痘痂极细，纳于管端，按男左女右，对准鼻孔吹入之”。此法可靠性不如水苗法，轻吹则不入，重吹则迅烈难当，涕多则苗随涕去，因此还是“独取水苗”。
苗种的选择、保蓄、精炼，也是人痘成功与否的关键。所谓“丹苗”，即是最好的苗种，按照现代科学的意义，是人天花经过传代培养保存的纯种疫苗。郑望颐《种痘方》中说：
“必要用种出之痘，发下之痂、谓之‘种苗’。……若其出天花之痂，谓之‘时苗’。”
“种苗”又称“熟苗”。朱弈梁《种痘心法》中指出，此种“熟苗”是由“时苗”经传代培养精练而得出的。
“若时苗能连种七次，精加选炼，即为熟苗。不可不知。”
“其苗传种愈久，则药力之提拨愈精，人工之选炼愈熟，火毒汰尽，精气独存，所以万全而无患也。”
这一过程与现代医学原理完全一致。活疫苗反复传代培养，可以保留免疫抗原性而减低其毒力。唯现代疫苗制品是经动物传代培养而不是在人体传代。
收取苗种，要及时用纸包固，纳小竹筒中，并塞其口，不令泄气，或者贮于新磁瓶内，以物密复，置洁净之所，清凉之处。依法藏蓄，春天可保存三四十日，夏天可保存二十余日，冬天可保存四五十日。李约瑟博士进一步指出这样的藏苗过程，还是一个减毒过程（李约瑟：中国与免疫学的起源，参见《中国药学报》5：10，1983）。
“将疫苗在体温(37℃)或稍低的温度下保存一个多月，这当然会使80%的活病毒颗粒发生热失活效应。但由于这些死亡蛋白质的存在，当接种到人体时，就像抗体产生一样，强烈地刺激着产生干扰素。”
3、人痘接种术的效果和盛行
随着人痘接种技术的不断改进和成熟、精细，其效果和安全性都大为提高，正因如此，在那天花猖照流行的年代，人痘接种术受到中外人士的普遍欢迎。
从历史文献记载中看，人痘接种的成功率极高，效果和安全性都堪称一流。
在没有免疫力的情况下，天花是人人要罹患的危险疾病。当时张琰劝人预防接种人痘，他的接种成功率很高，失败仅占2～2.5‰。
徐大椿是一位颇为挑剔的医生兼医学评论家。他在《兰台轨范》中有一评述：估计天花的自然死亡率在80～90%，种人痘的失败率为1%。原因是“苗之不善”，种痘方法是很好的。当然，普通种痘师是及不上张琰那样的种痘专家的。
当年在中国的传教土Dyer Ball就述他在山西省看到的情景，没有种人痘(但有治痘医生)时，山西省天花死亡率一为50～60%，一为20～30%；种人痘术推广之后，天花流行的死亡度降为1%（Wang & Wu: History of Chinese Medicine 第276页，中国检疫局，1936），这从另一个角度，从外国人的眼中，比较出人痘接种术的效果来了。
西方所用的人痘接种法未能随着中国人改良之法而改良，因此成功率较低。以外国之停留于痘浆法时苗接种的失败率较高来推论我国盛行不衰的人痘接种技术效果是错误的。人痘接种术在中国是成功的，并且随着技术改进而显得更加成功；它绝不等同于“一次人工的天花传染”。
4、人痘接种术在国外的传播
种人痘的技术发明，在世界医学史上无疑是一项重大突破。
据英·李约瑟博士考查，早在公元1700年之前，已有在中国的传教士写信给英国皇家学会，谈到中国种痘之术，但未获重视。
俄国人则较早派人来学痘医。俞正燮《癸巳存稿》(1713刊)云：“康熙时俄罗斯遣人到中国学痘医，由撒纳衙门移会理藩院衙内，在京城肄业。”
康熙二十八年(2689)中俄尼布楚条约签订，俄国政府选派留学生来华；时值俄国天花流行，部分留学生即以专门学习痘科。康熙二十年恰召朱纯嘏等种人痘并推广之，俄国人学痘医当然不会放过这个机会。人痘法于是很快传到了俄国，并在俄境广为推行。
当时俄国属土而南与土耳其接壤的锡尔戛西，本来是个出美女的地方，但因为天花流行而损害了她们的容貌。正是因为人痘法的传入挽救了她们，法国大百科全书家伏尔泰(Voltaire 1694～1778)曾在法国大声疾呼批评法国人不善学习和没有及时推广种痘技术，他赞扬锡尔戛西民族稿英国驻土耳其公使夫人玛丽·蒙塔古(Mary wovtley Montague)将异国的种痘习惯传回本国，他说：“我听说一百年来中国人一直就有这种习惯，这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的
一个民族的伟大先例和榜样。”
锡尔戛西人的种痘术可能从此传来，也可能由南边的土耳其传来。中国与土耳其之间一直有丝绸之路的频繁往来，中国医生到土耳其种痘的可能性不是没有。英国传教士医生德贞(Dudgeon John Hobson 1837～1901)在《中西闻见录》中说：“自康熙五十年(1717)有英国钦使曾驻土耳其国京，有国医种天花于其使之夫人，嗣后英使夫人遂传其术于本国，于是其法倡行于欧洲。”
Dyel Ball《中国风土事物记》中也提到：“说也奇怪，象其它许多事物一样，种痘术似也是由中国传入西方的。这术约八百年前，中国宋朝已经应用，于1721年由驻君士坦丁堡的英国公使夫人蒙拉格氏(即蒙塔古)最早介绍来英国。”
土耳其的种痘术传自中国，是所公认由土耳其传到英国，则应归功于蒙塔古夫人。法国则在伏尔泰的再三呼吁后，也传入了人痘接种术。
俄国人又将种痘术传至非洲，首先在突尼斯施行。为保证黑奴贸易，乃得普行于全非。又因黑奴贩运到美，种人痘法遂传美国。
近邻的朝鲜和日本接受种人痘法反晚于欧美。大约乾隆二十八年(1763)方传至朝鲜；1744年，福州商贾李仁山到长崎，后奉长崎镇台之命种痘，医者柳隆元、堀江道元从其学。李仁山并著《种痘说》(日译本称《李仁山种痘和解》)。
至1778年，有人将《医宗金鉴》种痘卷拔萃，题为《种痘心法》刊行，至此种痘之法广为流传。
5、人痘接种术发明的历史意义
人痘接种法无疑是中国人民最伟大的历史创造之一，它造福于全人类并促进了医学科学的新发展，其意义不亚于四大发明在世界历史上的贡献。它本身曾有效地预防了无数次天花流行，拯救了准以计数的孩子的生命；也使许多人免于麻于、残废等天花后遗症的困扰。
它直接导致了牛痘接种术的发明。人痘术在英国广为推行，爱德华·琴纳(Edward Jen-ner l749～1823)正是一位在乡间种人痘的医生。他是在种人痘的过程中才发现挤奶女工因患过牛痘而可免种人痘的（参见文士麦：《世界医学五千年史》，马伯英等中译本，人民卫生出版社，1985年）。1796年，他试用牛痘苗代替人痘苗接种试验成功。显然，牛痘接种法不过是人痘接种法的一次革新。
如果说牛痘接种法曾作为人工免疫法的先驱，那么，现在则完全有理由说：人痘接种法是更早的、真正的先驱，人痘接种法当之无愧地是现代免疫学滥觞之源。
预防医学以战胜天花传染、消灭天花为荣，是人类预防医学史上最伟大的事件。1979年10月26日，世界卫生组织在肯尼亚首都内罗毕宣布全球消灭天花。
若此伟大的奇迹般的成就，其最先的肇始是由于中国古代发明的人痘接种术，然后传至世界各地，然后有由琴纳加以改进为牛痘接钟术，再以后是牛痘术在全世界的推行和改进。中国古代人痘接种术创始之功不可没，中国人痘接种术永远彪炳史册。
清代前中期，人们对环境污染，蝇鼠虫害及其与传染病的关系有了进一步的正确认识，并采取了一些环境卫生措施。养生保健在继承前代成就基础上，着重于养生知识的普及和推广，养生对象尤其重视老年人。
当时，人们对水源污染和传染病发生的关系有了进一步的认识，王孟英认识到人烟稠密的地区容易引起传染病的流行，在论及预防措施时，科学的要求：“平日宜疏浚河道，毋使积污，或广凿井泉，毋使引浊”，以保护环境卫生。
这一时期，人们观察到苍蝇害虫污染环境，是人类许多疾病的祸根，唐黉《外科心法》认为“苍蝇闻秽丛聚，以致生疽。”因此，早在明代的外科著作《外科正宗》中就明确指出，病房“庶防苍蝇、娱蚁之同侵入”。
鼠害，早在先秦人们已有认识。到明代，《本草纲目》引梅师“正旦朝所居处埋鼠，辟瘟疫也。”把灭鼠与预防传染病的发生联系起来。吴宗宣撰《鼠疫治法》主张见死鼠即埋等法预防鼠疫。
一般认为烟草最迟于明万历年间由国外传入。有一些医家在反复实践过程中开始认识到烟草的危害性。如清初医家张璐在《本草逢原》中就提出烟草有害的疑问，说：“岂知毒草之气熏灼脏腑，游行经络，能无壮火散气之虑乎?”至乾隆年间，吴澄在编写《不居集》时，明确指出烟灼脏腑损人寿，并告诫人们烟酒“二物并行，贪嗜无厌。脏腑不为之焦坏乎?养生者当细思之。”吴氏的这番议论，十分可贵，对于今天提倡不吸烟的运动仍然有着积极的意义。
这一时期的养生学以继承、普及、推广为主要特点。在通俗性养生著作中，比较有影响的有：尤乘《寿世青编》，重点辑录了前人关于养生保健的理论和方法，其中“勿药须知”专论气功、养生。简明易学，为后世养生者所推祟。此书和黄克楣《寿身小补》分别被国内外学者译成德文出版。汪昂仿《寿世青编》之例，撰《勿药元诠》，分载《内经》“不治已病治未病”及“恬澹虚无”经旨，以及“调息”、“小周天”、“道经六字诀”、“一秤金诀”、“金丹秘诀”等内容，简便易行，故流传甚广。书中辑集前代《修龄要旨》、《类修要决》、《颐生微论》载录的导引、按摩养生经验要点即养生十六宜：“发宜多梳，面宜多擦，目宜常运，耳宜常弹，舌宜抵腭，齿宜数叩，津宜数咽，浊宜常呵，背宜常暖，胸宜常护，腹宜常摩，谷道宜常撮，肢节宜常摇，足心宜常擦，皮肤宜常干淋浴，大下便宜闭口勿言。”后来传入日本，现在札幌等地区甚为流行。此外，徐文弼《寿世传真》所载的“十二段锦”，颜伟《延年九转法》，汪《寿人经》所载的理脏腑之导引等等，至今仍然为群众所乐于锻炼的养生方法。
中国养生学著作在此期间被译成外文在国外出版发行，并由此对国外产生了比较广泛的影响，同时，国外的保健知识也被介绍进来。如郑观应编辑的《中外卫生要旨》四卷(1890)，除论述中国固有的养生、饮食、气功以外，还介绍国外如乡居、旅游、运动等养生方法，以及因地气不同、体质及病患不一，所以采取相应的保健措施，若土地卑湿之处，宜开沟引水，多种花卉。其中载录西方名医海德蓝医生之养生论颇为详细，此可谓中国比较系统吸取国外有关卫生保健以为借鉴之始。