(一)太医院
鸦片战争以前，清代医事制度多沿袭明朝旧制。顺治元年(1644)设太医院为独立的中央医事机构。为帝后及宫内人员诊视疾病、配制药物，也担负其他医药事务。最初设院使一人(正五品)，左右院判各一人(正六品)，掌太医院事。其下设御医10人、吏目30人、医士40人、医生20人、切造医生20人，分掌所属事务。以后历朝，院官员额各有增减，雍正八年(1730)添设食粮医员30人。乾隆二年(1737)题准食粮医员之设永为定例。自院使以下各官具为汉缺，乾隆五十八年(1793)特简满大臣一人，管理院务。
院官的升除。院使由左院判升补，左院判由右院判转补，右院判由御医升补。御医、吏目、医士等官，初由各省选举精通医理的人报太医院，由院考选补用。
(二)御药房
御药房是供应宫内所需药物的炮制及各型成药加工制备的机构，顺治十年(1653)设，属总管首领内监经理。康熙三十年(1691)裁总管首领内监，改派内管领一人，副内管二人兼管。
御前药房分东西二所，由太医院医官轮流为皇帝值班。西御药房由院使、院判、御医、吏目分班侍直，叫作“宫直”。东御药房由御医、吏目、医士分班侍直，叫作“六直”。
圆明园药房、西范寿药房，太医院亦如给事于内廷，都派医官侍直。皇帝巡幸，院官或奉旨特派，或按班轮委随驾侍直。
(三)药库
药库，也称生药库。由医士中选委二员管理药库，买办药材，二年一换，升授吏目。凡各省出产药材地方，每年照例解运药材，交纳药库由管库委官验收贮存。其药材均以生药交进，经管理药库医官验看，由御药房处于差役地位的“苏拉医生”或以民间召募的“民医生”切造、炮制备用。
清代对东北地区所产人参实行皇家专采专卖制度，作为最高统治者宫廷特供生活的重要经济来源和保障。因之，御药房的人参使用，控制较严，实行交请应用办法，无定额限制，用完时，开明耗费数量，并将需用数及职名奏呈，再行请用。
(四)社会抚恤组织
清初仿照明朝制，有施药例。顺治间曾在北京景山东门外建药房，令医官给满汉军民施药，康熙中期曾一度扩充，在五城地方设厂施药，至四十年(1701)停止。
清代统治者及地主、豪绅、为了缓和阶级矛盾，兴办有养济院、普安堂、育婴堂及粥厂等，让会抚恤组织，收养社会上的贫孤无靠者，以示恩泽民众。
养济院明代已有，英宗天顺间谕户部令顺天府在大兴、宛平二县各设养济院一所。清沿前代例，在京都及全国各地设置养济院，养赡鳏孤寡独，残疾无依靠的人，政府拨给银两和口粮，地方士绅有乐于资助者，任其捐献。乾隆间还把年逾六十或成笃疾者、不能食力的军流等犯人，拨入养济院，按名给孤贫粮。
京城及外省还有普济堂，收养无依靠的体弱多病老年人。乾隆初年定，大口日给米八合，小口减半。
我国自古以来把“慈幼”视为美德，宋淳佑间，创立慈幼局收养道路遗弃初生婴孩。清代则有育婴堂创立，收养抛弃或无力养育的婴儿。
鸦片战争以前清代医学教育，设教习培养医官人才，分为内教习与外教习两种，各置教习2人，由御医、吏目中选品学兼优者充任。内教习住在东御药房，担任教授药房的太监学习医书。外教习担任教授初进太医院教习厅肄业生及医官子弟学习医学。凡到院学习者，通常要经六品以上同乡官员推荐，满人要经该管佐领推荐，并由本院医官作保，由首领官而试，粗知医理，且通晓北京话，合格者方可入学，称之为医生。入院学习后，称为肄业生。
医学分科曾3次改制，顺治间分为大方脉科、小方脉科、痘疹科、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科等11科。嘉庆二年(1797)痘疹科并入小方脉科，口齿咽喉合为一科成为9科。嘉庆六年(1802)奉旨以正骨科划归上驷院蒙古医生兼充，成为8科。道光二年(1822)奉旨以针灸之法究非奉君之宜，太医院针灸一科永久停止，成为7科。同治五年(1866)改为大方脉科(伤寒科、妇人科并入)、小方脉科、外科(即疮疡科)、眼科、口齿咽喉科等5科。教学内容主要是《内经》、《本草纲目》、《伤寒论》、《金匮要略》，以及有关本专科的医书，后来又增习《医宗金鉴》，并渐以之为主要教科书。一般肄业生学习3年期满，由礼部堂官来主持考试，合格者标为医士，不合格者继续肄业，以待再考。凡肄业一年以上，经季考3次，名列一等者，遇粮生有缺，可呈报礼部递补，不再考试。
清代在地方虽也开办医学，并规定了考试制度，但规模小。府设正科，州设典科，县设训科，名额各为一人，俱未入流。雍正元年(1723)题准，命各省巡抚，详加考试所属医生，对精通《内经注释》、《本草纲目》、《伤寒论》者，题请作为医学官教习，每省一人，准其食俸三年，此间，如果工作曲奋慎重，品德正派，即上调太医院，授为御医，其遗缺，由本省习医人内拣送补授。
有清一代的医学教育，虽然大体上沿袭宋明以来的制度，但趋向衰弱，不复历代兴盛，具有悠久传统的民间家传与师徒相授成为主要教授医学形式，造就出不少医学名家。
医德教育为中国历代医家重视，至清尤然。在他们的医著中，几乎都要论述做为一名医生必须具有的道德修养，教育后人，医德规范大体可以归纳为；(一)不图名利；(二)急病人所急；(三)贫富一视同仁；(四)珍重人的生命；(五)谦虚谨慎，互相学习。