清代康熙以来，医家尊祟经典成为学风，呼应而起的经典医书注家，盛极一时。他们做了大量考证与注释工作，在古典医籍的整理研究方面产生了很大影响。
(一)张志聪《素问集注》和《灵枢集注》
清初著名医家张志聪主持编著的《皇帝内经素问集注》和《黄帝内经灵枢集注》，是一种影响颇大的《内经》全注本。
张氏集注本的注释水平较高。例如对《阴阳别论》中“二阴二阳发病，善张，心满善气”一句之“心满善气”的解释，王冰理解为“气蓄于上，故心满，下虚上盛，故气泄出”。其他对《内经》很有研究的医家吴昆、马莳，张介宾等均未对此作出解释，张志聪则对王注提出异议，认为“善气者，太息也。心系急，则气道约，故太息以伸出之”。其解说明确指出“善气”是善太息，这种心中满闷而善太息的解释，符合实际，较为贴切。
张志聪《内经》全注本屡出新见，其观点在近世产生了较为广泛的影响，对中医理论研究有着较大贡献。
(二)各具特色的分类研究
1、择分《内经》为九类；汪昂、薛雪汪昂所著《素问灵枢类纂约注》(1689)3卷，选录《素问》、《灵枢》中除针灸以外的主要内容，分为藏象、经络、病机、脉要、诊候、运气、审治、生死和杂论9篇，兼采历代注家之长进行注释。注文简明扼要，较为浅显易懂，为后世学医者所喜读。薛雪所著《医经原旨》(1754)6卷，分为摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病9类，计14篇。注文简要，主要参酌张介宾《类经》中的注释，揉和各家学说重予撰注而成。
2、分类最简的《医经读》：沈又彭所著《医经读》1卷，挑选若干条文，分别归纳于平、病、诊、治4类之中，可算类分最为简要者。平，为脏腑的正常生理。病，包括病机、疾病。诊即诊法，治即治则。故该书分类虽简，但已概括生理、病理、诊法、治则四大部分内容。所选条文较为精当，起到了删繁就简由博返约的作用，是一本适用于初读《内经》者阅习的书籍。
3、探索篇序原貌的黄元御：清代名医黄元御，以《素问》、《灵枢》代远年湮，文次伪乱，倡错简之论。他以自己的研究心得，著成《素问悬解》和《灵枢悬解》二书，《素问悬解》(1756)13卷，以通行本《素问》81篇的主要内容分为养生、脏象、脉法、经络、孔穴、病论、治论、刺法、雷公问、运气10类，重予编次。《灵抠悬解》(1756)9卷，根据通行本《灵枢》81篇的主要内容，按刺法、经络、营卫、神气、脉象、外候、病论、贼邪、疾病9类的次序重予编次。二书可称《内经》研究中独辟蹊径之作。
此期对《难经》的研究，方式大抵是将《内经》《难经》有关内容相互对照，并以《内经》理论阐述《难经》义理与渊源。
清初莫所《难经直解》(1669)2卷，为《莫氏锦囊十二冲》之一种。莫氏注释《难经》以滑寿《难经本义》的理论为主，参考其余注家学说，并结合个人见解予以发挥，具有一定参考价值。徐大椿所著《难经经释》(1727)2卷，以《内经》理论为本，阐发《难经》义理及其学术渊源，其中述源析变、考订辨论、诠释发挥，颇具参考价值。黄元御所著《难经悬解》(1756)2卷，主要结合个人学识及阅读《难经》心得，对81难予以逐段注解，注文多较简要。
日本学者丹波元胤亦于19世纪初叶撰有《难经疏证》2卷，该书首列其父丹波元简《难经解题》1篇，元胤征引各家学说结合个人见解补其剩义。
(一)《伤寒论》的研究
清代，由于医学理论的发展及训诂学的盛行，《伤寒论》的研究在深度与广度上都较前代有了新的发展。仅清代前、中期流传至今的《伤寒论》研究著作在百种以上。
首先是明代已显端倪的学术之争，到了清代则更为明朗。主张错简重订或主张维护旧有编次的不同医家，观点都比较强烈，均竭力宣称自己最能反映张仲景的原意。清代主张错简重订的代表医家是喻昌，其《尚论篇》影响之大超过了明代方有执的《伤寒论条辨》。在他之后，持这一观点的医家大致可分为两部分。一派医家推崇方、喻提出的编次，著书立说也基本在此二家的基础上进行。若周扬俊、张璐、吴仪洛、程应旄、沈明宗、陈知等等。另一派医家则认为即便是方、喻二家也未能尽复仲景原貌，因而他们的重订工作往往另辟蹊径而不循方喻。如黄元御撰《伤寒悬解》，钱潢撰《伤寒溯源集》，主张维护旧有编次的医家有钱塘二张即张志聪、张锡驹，以及陈修园等人。这种学术之争并非没有意义，许多医家为了使自己的观点更有说明力，往往博览群书，寻流溯源，深思熟虑，力求得出精辟的分析，独到的见解。因此其中不乏具有影响的佳作。
此期流传入境的外国学者的《伤寒论》研究著作恐怕可谓《伤寒论》研究中的一条不可忽略的支流。至今仍可见到的日本学者的著作不下四十种，以诠释或集注的形式为多。如丹波元简《伤寒论辑义》丹波元坚《伤寒论述义》，山田正珍《伤寒论集正》等等，这反映了《伤寒论》在日本的流传，以及日本医生对《伤寒论》的推祟、理解和应用。
1、主张错简重订的医家
(1)喻昌与三纲鼎立说：喻昌研究《伤寒论》尊张仲景为至高，对自王叔和以降历代注家多有非议。而独对明代方有执一人颇赞赏，以为对方有执《伤寒论条辨》“削去叔和《序例》，大得尊经之旨”，尤其认为方氏卓识超越前人。
因此喻昌对伤寒六经病脉证治的编次发挥追从方有执的观点，主张振举大纲，分隶治法，倡三纲鼎立之说。他认为太阳主表有营卫之不同，病邪有风寒之差异，风则伤卫，寒则伤营，风寒兼感，则营卫两伤，仲景立桂枝汤治风伤卫，麻黄汤治寒伤营，大青龙汤治风寒两伤营卫，三法分治三证，鼎足三纲，成为《伤寒论》研究中一种颇具影响的学说。
总之，喻昌研究《伤寒论》用心良苦，致力深厚，其重编仲景条文，几乎于每一条文之前先以简明短语点出大意，之后又结合本人体会进行发挥，反映出较高的学术水平。
(2)方喻影响下诸家：张璐自言研究《伤寒论》历三十年，曾为诸家多歧而苦恼，迨见到方喻著作方豁然开朗。总结心得，撰成《伤寒缵论》与《伤寒诸沦》。将《伤寒论》条文重新编排，首详六经证治，后列他病。篇且分法基本同于《尚论篇》，原文后注释也是主要依据方喻之说。但他对喻昌伤寒温热不分，持有异议。他不仅将原文中言明温者指为温病，并将黄芩汤、白虎汤、白虎加人参汤等等诸条均归入温热病范畴。
周扬俊也是方喻学说的追随者，认为历代注家唯此二人得仲景精旨。因此周扬俊研究《伤寒论》均采用方喻二家，遇注释不完善处，又自潜心体会，以期另有所得而补其不足。故其著作名《伤寒论三注》。清中叶之后，以此立说者并不止周氏一家，如黄元御、包诚、陈修园等人。即使至今，也仍有人循此思路研究《伤寒论》。
(3)黄元御的错简重订说：黄元御治古医经，无不以错简为说，他不象其他主张错简重订的后续医家那样推祟方喻二人，他认为“四圣”之后，唯孙思邈不失古圣之意。他重订《伤寒论》条文，不遵风寒营卫或三纲鼎立之说，而是自成体系。首先他提出寒温异气。认为“冬伤于寒”并非指冬日感冒寒邪藏而未发，而是指冬寒之日未知调养，伤精蕴热，至春夏温热之气引发内热而发，故表里皆热，五脏六俯皆受病。其二他提出伤寒六经非皆经病。他认为唯太阳有经证，而他经均无纯悴之经证。阳明全言腑病，即使有经病也是腑病连经。三阴经皆言脏病，即使有经病，也是脏病连经。少阳一经居半表变里，言半脏半腑，少阳之经病乃脏病腑病连经。故经病总统于太阳一经，腑病脏病则各经分治。
2、主张维护原有编次的医家
(1)钱塘“二张”：指张志聪与张锡驹二人。此二人同乡又同出一师(张逆辰)，学术观点亦颇有相同之处，治伤寒学，均主张维护原有编次。
张志聪的著作为《伤寒论集注》。稿未成而病逝，由门人高世于1683年补订成书，共6卷。他认为：“仲祖《伤寒论》其中条绪井井，原系本文，非叔和所能编次。”仅有“伤寒例”为叔和所增，删除之。其余根据先证后脉的原则进行调整，虽然将“平脉”、“辨脉”及“痉湿”移至六经篇后，六经脉证条文，悉以原书次序进行汇节分章，将398条分作100章，认为这样便使此经编次条理通贯，毫无漏隙，故亦无错简。此较张遂辰维护旧编次之论据大为有力。
张氏对风寒伤营卫之说颇不以为然，他认为“并非风必伤卫，寒必伤营。
张氏主张以运气学说理解《伤寒论》，他甚至认为此乃张仲景立论之本。他以六经气化为病解释伤寒病，认为纪日与传经是两回事，前者指经气而言，后者指病气而言，经气日传一经，病气则一传便止。传于某经，则见某经之病，不复再传别经。如停留阳明，则见白虎汤及承气汤证，不复再传少阳。
张锡驹著有《伤寒直解》(1712)6卷，书中完全同意张志聪以上主张，甚至除先脉后证外，六经证治的章节安排亦取诸张志聪。其比较突出的观点是强调《伤寒沦》为治百病的全书，并非仅仅为伤寒而设。因此他提出能治伤寒即能治杂证。事实上这个观点成立与否关系到经方医家的社会地位，所以常是他们比较强调的内容。
(2)陈念祖：陈念祖平生尊经祟古，其著《伤寒论浅注》(1803)6卷，竭力维护旧论。他认为“叔和生于晋代，与仲景相去未远，何至原书无存耶?”而且叔和编次的《伤寒论》自“辨太阳病脉证篇”至“劳复”止十篇，章节起止照应，如神龙出没，首尾相应，鳞甲森然。因此他断定此皆仲景原文，叔和绝无意变乱。相反，如果割章分句，挪前换后，重成一篇畅达文字，则虽仍是仲景句子，却非仲景文章。因而陈氏在《伤寒论浅注》中未有增减一字，移换一节。但是他认为除以上十篇之外其余几篇，皆叔和欲补其详而加入。为了维护《伤寒论》的纯洁，陈氏将之删削不录，形成所谓十篇《伤寒论》洁本，并由此流行。
3、从方剂入手研究《伤寒沦》的医家
清代有一些医家的研究以探索张仲景辨证制方之所以然为线索，强调见什么证，用什么方。代表者有柯琴与徐大椿。二家之间的不同在于是否分经立论，此外，徐彬《伤寒一百十三方发明》也具有一定的影响。
(1)柯琴：柯琴的著作《伤寒来苏集》(1669)8卷，包括《伤寒论注》、《伤寒论翼》、《伤寒附翼》三种，影响最大的是《伤寒论注》。柯氏认为张仲景原书本平易，只是历代注家画蛇添足，使其反而被混淆。因而柯氏治伤寒学，很少步前代注家之后尘。而根据张仲景原文中所有的桂枝证、柴胡证的提法，从方剂入手，将原文以方证归类重新编排。他以六经为总纲，以证候为依据，因方类证，方随经出。开篇先立总纲一篇，概述伤寒脉证，每经又各立总纲一篇，分述各经脉证大略，这样既提出纲领，又使原书中有论无方的条文有所归属。此后每证立为一篇，以方名证。如太阳病中收集了桂枝汤证、麻黄汤证等十一类证，其中桂枝汤证汇集了桂枝汤脉证、兼证、汤方、服法、方禁、坏病、疑似症以及其加减变化凡十九方。他经他方均类此条例。条文既出，注解附后。
(2)徐大椿：徐大椿虽为一代儒医，但他对《伤寒论》原有的编次问题并不十分看重。其著有《伤寒约编》(1759)6卷，《伤寒论类方增注》(1764)1卷。其中前书更具学术代表性，他认为《伤寒论》并不是仲景依经立方之书，而是救误之书，本无一定次序。他指出病本变迁不定，而方之治病有定，如解肌发汗、攻邪散痞，逐水驱寒，温中除热等等，皆各有主方。起加减变化则各有法度，不可有分毫的错误。于是，在他的《伤寒类方》中，不言从何经来，往何经去，而是着眼于仲景的处方用药，类方不类经。
他将《伤寒论》中一百一十三方分成桂枝汤证、麻黄汤证等十二类，均以主方命名。每类先列主方及其方证，然后依次排列加减类方。最后方列“六经脉证，一篇，说明六经主证主脉及别证变证。目的在有助于理解方证分类及用药加减异同的道理，有利于正确使用《伤寒论》方。全篇文字不多，语言简洁，条理分明，方证全面，即使作为一种学习《伤寒论》的工具书也很有价值。
4、从治法入手研究《伤寒论》的医家
此派医家强调探索张仲景治病立法的依据。代表医家有尤在泾与钱潢。事实上，二人对法的定义理解不同，研究的角度也颇有差异。
(1)尤怡：尤怡治伤寒学，立足于彰明仲景辨证思想，在其《伤寒贯珠集》(1810)中，一方面从治法入手研究证候分析标准，一方面仍以六经为大纲。在三阳病与三阴病的治法研究中，尤氏使用的是不同的分类标准。
他将三阳病治法分为七大类，每类均不以具体的治法命名，而是一种比较抽象的法则。如太阳病治法共分五类。素体虚弱，或脏腑阴阳偏胜，或原有宿疾者，同为伤寒之证，必须将麻桂汤化裁使用，此为权变法。为汗之不当而有斡旋法；为误治生变而有救逆法等等。
三阴病治法大致分为汗、下、温、清四类，以具体治法命名。其中太阴病治法因脏病、经病、经脏俱病，分为温里发汗及先里后表。少阴病治法因寒热虚实见证不清、下、温及生死法四种。厥阴病治法则根据厥热之进退分温、清二法。
(2)钱潢：钱潢对《伤寒论》的研究，重点也在于张仲景辨证施治的方法。但他对法的理解不同于尤怡，他认为《伤寒论》六经证治无一字一句非法。因而他对治法的分类非常细腻。在他的重编张仲景《伤寒论证治发明溯源集》(1707)10卷中，他以六经证候为依据，阐发仲景立法制方的不同意义，他对伤寒治法的分类确切地说是以证命名的。
5、从六经入手研究《伤寒论》的医家
从六经入手研究《伤寒论》的著述有陈修园《伤寒医诀串解》，舒诏《伤寒六经定法》，沈尧封《伤寒论读》等等，其中陈修园是影响最大的，他作为强硬的尊经派，曾力主维护《伤寒论》原有编次。同时，他又是一位注重实践的临床医生，有着丰富的临证经验，因而他也主张使伤寒理论切于实用。
(二)《金匮要略》的研究
古代医学界对《金匮要略》的研究并非与《伤寒论》研究并驾齐驱，开始较晚，著作也远不及后者为多。这可能与《金匮要略》发现得晚有关。虽说明代已有《金匮要略》研究著作出现，如赵以德《金匮方论衍义》，但更多的是清代的作品，如徐彬《金匮要略论注》(1671)，程林《金匮要略直解》(1671)，周扬俊《金匮玉函经二注》(1687)，魏荔彤《金匮要略方论本义》(1721)，陈修园《金匮要略浅注》(1803)等等，但最有特色的是尤怡的《金匮要略心典》与黄元御的《金匮悬解》。
1、尤怡的《金匮要略心典》
尤怡的《金匮要略心典》(1729)可谓是流传最广，影响最大的一部《金匮要略》研究著作。书中尤氏根据原书编次，逐条或数条一节进行注释。依其自序所言，他的注释遵循三条原则。其一，力求辞义精确符合原意，即所谓当于古人之心。其言未必尽称“灵素”，而是以本人体会为主，直入其义，有时确有画龙点睛之妙。其二是“传写之误者则拟正之。”其三，“其或后人续入者，则删汰之”如“杂疗”以后三篇，《金匮要略心典》中未以收入。尤氏又参考历代方书，参以个人心得经验，撰著有《金匮家》(1768)8卷，论述内科杂病证治。以为《金匮要略心典》的补充，羽冀《金匮》。
2、黄元御的《金匮悬解》
黄元御在撰成《伤寒悬解》之后，立即转入《金匮悬解》的编著工作(1754年成书)，因此二书的思路非常相似。他将《金匮要略》的篇目、条文也重新进行调整编排，并进行一些删减，如删去“杂疗方第二十三”等三篇。他认为《金匮要略》治内伤杂病，以扶助阳气、运化气血、温熙脏腑功能为大旨。但又兼采后世滋阴之说，推阐“阳自阴开，阴由阳降”之理，言之颇见透彻。书中逐篇诠译原文，并详述四诊九候之法。在他的《金匮悬解》中，将《金匮要略》条文分成外感、内伤、外科、妇人四大部分，各部分又按原类病法分类，每类各为一卷，卷前加以短论对该卷内容进行提纲挈领的阐述。
陈念祖《金匮要略浅注》(1803)10卷，在体例和编写特点上亦略同其所著之《伤寒论浅注》。书中删去最后三篇外，并在第22篇妇人杂疗脉症中增补了阴挺论等内容，陈氏选辑前人有关《金匮要略》的部分注文。参以个人见解加以阐发，以探求《金匮》要旨，由于注文简要，明白易晓，适于初习者使用。故流传较广。
日本国学者丹波元简、丹波元坚父子也各有研究《金匮》的专著。元简著《金匮玉函要略辑义》(1806)6卷，采辑徐彬、程林、沈明宗、魏荔彤及《医宗金鉴·订正金匮要略注》等家注本，结合己见逐条阐析仲景原文，考订较为精详。方解部分除选注诠择外，又参考古今方书增补了一些效方。元坚著《金匮要略述义》(1842)3卷，选录《金匮》原文以段落分注，除发挥个人所得外，又补充了赵以德、周扬俊、朱光被等诸家学说。这对其父元简之《金匮玉函要略辑义)一书，在采辑各家学说和阐述仲景精义方面均是很好的补充。