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•李时珍从临床实践动身，依据张元素“脏腑议病”理论，从脏腑经络视点判别病况，力排众议，而倡肺卫同病之说，以为太阳表证，虽属膀胱、小肠，实与肺、脾相关。
张仲景学说尽管自宋今后越来越遭到医家的注重，但到明代仍没有逾越诸家而上升到医圣的位置。如明·王纶《明医杂著》中有“仲景、河间、东垣、丹溪 ‘四子大全论’”，明·李中梓《医宗必读》有“仲景张机、首真刘完素、东垣李杲、丹溪朱震亨‘四我们论’”。但张仲景是方书之祖，兼伤寒、杂病而能之，其学说临床实用价值颇大。张元素对此亦深有领会，尝说：“仲景药为万世法，号群方之祖，治杂病若神。”李时珍亦非常注重对张仲景学说的研习运用，《本草纲目》多处引用张仲景书中条文方药。但李时珍深受易水学说的影响，并经过切身的临证实践领会，在学术上谨记易水学派张元素，其解说发挥张仲景学说，多从张元素脏腑议病、李东垣内伤脾胃动身。
讨论六经本质
历代医家论太阳病皆从腠理营卫，很少联络脏腑的改变，论太阳统营卫，主终身之大表，为诸经之藩篱；而手太阴肺主气属卫，外合皮裘，亦主表。拘于经络六经之说，以至于提出“伤寒传足不传手”“足经赅全身”“伤寒从皮裘而入，温病从口鼻上犯”等貌同实异的荒唐观念，纷呶不休，影响至今。而李时珍从临床实践动身，依据张元素“脏腑议病”理论，从脏腑经络视点判别病况，力排众议，而倡肺卫同病之说，以为太阳表证，虽属膀胱、小肠，实与肺、脾相关。
《本草纲目·草部·第十五卷·麻黄》中说：“麻黄乃肺经专药，故治肺病多用之。张仲景治伤寒无汗用麻黄，有汗用桂枝。历代明医解说，皆随文傅会，李时珍常绎思之，似有一得，与昔人所解不同云。津液为汗，汗即血也。在营则为血，在卫则为汗。夫寒伤营，营血内涩，不能内通于卫，卫气闭固，津液不行，故无汗发热而憎寒。夫风伤卫，卫气外泄，不能内护于营，营气衰弱，津液不固，故有汗发热而恶风。然风寒之邪皆有皮裘而入，皮裘者，肺之合也。肺主卫气，包罗一身，天之象也。是证虽属乎太阳，而肺实受邪气。其证时兼面赤怫郁，咳嗽有痰，喘而胸满诸证者，非肺病乎？盖皮裘外闭，则邪热内攻，而肺气膹郁，故用麻黄、甘草同桂枝，引出营分之邪，达之肌表，佐以杏仁泄肺而利气。汗后无大热而喘者，加以石膏。朱肱《活人书》顶用麻黄汤常于夏至后加石膏、知母，皆是泄肺火之药。是则麻黄汤虽太阳发汗重剂，实为发散肺经火郁之药也。腠理不密，则津液外泄，而肺气自虚。虚则补其母，故用桂枝同甘草，外散风邪以救表，内伐肝木以防脾。佐以芍药，泄木而固脾，泄东所以补西也。佐以姜枣，行脾之津液而和营卫也。下后微喘者加杏仁，以利肺气也。汗后脉沉者加人参，以益肺气也。朱肱加黄芩为阳旦汤，以泻肺热也。皆是脾肺之药。是则桂枝汤虽太阳解肌轻剂，实为理脾救肺之药也。此千古未发之秘旨，愚因表而出之。”李时珍从肺卫受邪、肺气郁闭以释伤寒，以肺虚脾弱、营卫失调来解太阳中风，并以“面赤怫郁，咳嗽有痰，喘而胸满诸证”为佐证，验之临床，更切合实践。是则太阳病实践是表证，非单纯手足太阳膀胱与小肠也，实践上涵括了肺与脾之生理功用。
在药物作用上，《本草纲目·木部·第三十四卷·桂》指出“麻黄遍彻皮裘，故专于发汗而寒邪散，肺主皮裘，辛走肺也。桂枝透达营卫，故能解肌而风邪去，脾主营，肺主胃，甘走脾，辛走肺也。”清代伤寒注家喻嘉言尽管竭力建议太阳三纲鼎峙学说，但到晚年著作《尚论·后篇》时，大段引用了时珍上述证明内容，阐明其接受了“肺实受邪气”的观点。李时珍的论说今日也越来越被诸多伤寒学家认可，如陈亦人《伤寒论求是》言：“太阳病实践是表证，固然与经络有关，但绝非仅限于经络，更不必定是膀胱，而是与肺联络最切，与脾胃也有必定联络。”万晓纲《读伤寒》亦言：“太阳者，巨阳也。因其脉与督脉相通，而得以为诸阳主气，统摄营卫，主一身之大表。就此而论，实践涵括了肺主气属卫、肺合皮裘之生理特性，而非单纯手足太阳膀胱与小肠也。”
相同关于少阳病，李时珍亦突破了少阳本身脏腑经络病位区域，以为仅仅胆与三焦发病，且涉及心、肺、脾、胃诸脏。《本草纲目·草部·第十三卷·黄芩》中言：“少阳之证，寒热胸胁痞满，静静不欲饮食，心烦呕，或渴或否，或小便晦气，虽曰病在半表半里，而胸胁痞满，实兼心肺上焦之邪。心烦喜呕，静静不欲饮食，又兼脾胃中焦之证。”
《伤寒论》之六经本质，不纯以经络为据，而是以临床征兆、功用组合为其类属规范。李时珍讨论六经本质，遵从易水学说，注重脏腑经络辨证，联络相关脏腑知道六经，对张仲景学说颇有发挥，齐备了六经辨证系统。李时珍全部从临床实践动身，不徒作文字游戏，有利于辅导临床，他指出：“故善观书者，先求之理，毋徒泥其文。”
注重脏腑辨证
李时珍推重易水学派，受张元素“脏腑议病”学说的影响，在论述张仲景所述病证时，注重脏腑经络辨证，以脏腑为纲，又以真假寒热为目，分标本、寒热、真假、气分、血分，判别病况的病位病性、发展改变及其预后，先候病机然后施治，辅导处方用药。颇能执简驭繁，捉住底子的，并且大大丰厚和齐备了张仲景学说，也有利于临床实践。
痞证，张仲景言“心下痞”，历代注家拘于泻心汤之名，每与心脏混为一谈。《本草纲目·草部·第十七卷·大黄》曰：“泻心汤治心气缺乏吐血衄血者，乃真心之气缺乏，而手足厥阴心包络、足厥阴肝、足太阴脾、足阳明胃之邪火有余也。虽曰泻心，实泻四经血中之伏火也。又仲景心下痞满、按之软者，用大黄黄连泻心汤主之。此亦泻脾胃之湿热，非泻心也。病发于阴而反下之，则作痞满，乃寒伤阴血，邪气乘虚结于上焦。胃之上脘在于心，故曰泻心，实泻脾也。《素问》云‘太阴所至为痞满’，又云‘浊气在上，则生月真 胀’，是矣。”由此可知，心下是指心下胃脘之部，而非胸怀之中；用泻心汤医治，是泻脾胃之邪热也。而结胸病位亦在胸膈、胃脘，但与痞证有真假之别，其曰：“病发于阳而反下之，则成结胸，乃热邪堕入血分，亦在上焦分野。
张仲景大陷胸汤丸皆用大黄，亦泻脾胃血分之邪，而降其浊气也。”李时珍对此辨析甚明，先清晰痞证的病位在脾胃，结胸病位在胸怀。然后皆分气分、血分而论治。提出“若结胸在气分，则只用小陷胸汤；痞满在气分，则用半夏泻心汤矣。成无己注《伤寒论》，亦不知别离此义。”李时珍辨证分气分、血分论治，亦是依从张元素“藏府标本药式”“归经用药”等用药理论而来，他以为“大黄乃足太阴、手足阳明、手足厥阴五经血分之药。凡病在五经血分者，宜用之。若在气分用之，是谓诛伐无过矣。”
李时珍在脏腑辨证中还有一个特色，即捉住脾胃，杰出元气，如其医治泄泻及对麻黄升麻汤证的了解，即从升清阳下手，这种知道源于李东垣。《本草纲目·草部·第十五卷·麻黄》：“一锦衣卫夏月喝酒达旦，病水泄，数日不止，水谷直出。服分利消导升提诸药则反剧。时珍诊之，脉浮而缓，大肠下弯，复发痔血。此因肉食生冷茶水过杂，抑遏阳气鄙人，木盛土衰，《素问》所谓久风成飧泄也。发当升之扬之。遂以小续命汤投之，一服而愈。昔仲景治伤寒六七日，大下后，脉沉迟，手足厥逆，咽喉晦气，唾脓血，泄利不止者，用麻黄汤平其肝肺，兼升发之，即斯理也。神而明之，此类是矣。”李时珍遵从李东垣“脾胃为元气之本”的学术思想，临证十分注重脾胃的升降功用，治病擅长补中升阳。他以小续命汤治好泄泻，便从李东垣升阳举陷悟出，师其法而不必其方。
联想可知，张仲景麻黄升麻汤证亦同此理。考《伤寒论》357条曰“伤寒六七日，大下后，寸脉沉而迟，手足厥逆，下部脉不至，喉咽晦气，唾脓血，泄利不止者，为难治，麻黄升麻汤主之。”可见此处李时珍回忆有误，所言麻黄汤，应是麻黄升麻汤。麻黄升麻汤证寒热并见，真假混杂，证候杂乱、病况疑似，历代争论不休，知道不清，运用较少。高超如、柯韵伯竟全盘否定：“旧本有麻黄升麻汤，其方味数多而重量轻，重汗散而畏温补，乃后世粗工之伎，必非仲景方也。”李时珍从临床实践动身，由用小续命汤医治泄泻获愈，悟出此类证候宜升发郁阳，平其肺肝，清肺运脾，其病机本质上是邪陷阳郁，土盛木衰，肺热脾寒。此论足以停息历代争议，提醒了麻黄升麻汤证的精神本质，阐发了张仲景医治泄泻的蕴意。
李时珍以为关于张仲景学说，“千古之下，窥其奥而阐其微者，张洁古、李东垣二人罢了。”他在易水学派的影响下，将脏腑经络气血辨证，融入六经辨证，发展了张仲景学说，完善了六经辨证系统。（周益新）
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